2006年6月札卡威被美軍炸死，馬斯里（Abu Ayyub al-Masri）繼任成為領袖，2010年馬斯里又被炸死，這才輪到巴格達迪成為第一把交椅。
巴格達迪掌權後，便率領AQI宣布脫離基地組織，也開始成為西方國家情治單位追緝的對象，2011年之後，巴格達迪利用敘利亞陷入內戰的機會，控制範圍從伊拉克北部擴大到敘利亞北部，並更名為「伊拉克與大敘利亞伊斯蘭國」（ISIS）。
宣布立國 唯一一次露面
同年，美國正式將之列為全球恐怖份子名單，項上人頭賞金高達2500萬美金（約台幣7.6億元）。被美國「認證」後，巴格達迪沒有遭到打擊，反而像是披上龍袍，獲得全球伊斯蘭激進分子矚目。
2014年7月，聲勢正旺的巴格達迪率軍攻陷伊拉克第二大城摩蘇爾（Mosul），在當地的努爾大清真寺（Great Mosque of al-Nuri ）發表演說，宣示建立一個穆斯林哈里發國（caliphate），也就是今日的「伊斯蘭國」，巴格達迪也自封為伊斯蘭世界的最高領導人「哈里發」（caliph），這是他第一次、也是唯一一次公開在全球露面。
今年6月22日，伊拉克政府軍攻陷摩蘇爾之際，IS炸毀努爾大清真寺和其知名的「傾斜喚拜塔」（al-Hadba），矗立近900年的古蹟瞬間成為斷垣殘壁，距離巴格達迪宣告建立「哈里發國」不過三年，帝國夢正式灰飛煙滅。
前妻：他是平凡愛家男人
相較於賓拉登或其他著名激進領袖，巴格達迪異常低調，無論個人魅力或口才都沒有過人之處。與他斷絕關係、現在帶著幼子住在黎巴嫩的前妻杜萊米（Saja al-Dulaimi）形容他是「平凡的愛家男人」，對孩子很好，也說看不出他在外的殘暴行徑。
巴格達迪據信有過3個妻子，分別來自伊拉克和敘利亞，現任妻子來自海灣某國。
巴格達迪被控多次強暴被IS擄獲的不幸女子，並把她們當成性奴隸，包括未成年的亞茲迪族（Yazidi）少女等，被IS殺害的美國人道救援工作者穆勒（Kayla Mueller）也曾遭其毒手。
