為加強日本輸台食品的輻射監控，衛生福利部食品藥物管理署擬與日本交流協會合作，希望日方能主動出具產地證明及輻射檢驗報告，再與我方檢測結果比對，以降低我方輻射檢驗成本，並強化三一一福島核災之後的日本輸台食品把關。
食藥署表示，目前已禁止福島、茨城、櫪木、群馬及千葉等5個地區的食品輸入台，至於日本其它地區生產的冷藏及冷凍蔬果、冷藏及冷凍水產、乳製品、嬰幼兒食品、飲水、海草等8類產品，輸入我國時都採邊境逐批檢驗；下月起將新增茶葉、肉品和加工食品3類，同樣採取逐批抽驗。
為降低輻射檢驗成本，食藥署預計今年5月底，將和日本交流協會磋商「台日交流合作計畫」，欲調整非福島產品的源頭管理措施。若日方提供的檢驗數據，與食藥署委託原能會檢測的一致，食藥署將再評估是否將確認安全的進口食品，由現行「逐批檢驗」改為原先的「比例抽驗」。
食藥署希望比照歐美進口日本食品模式，由日方檢附產地證明及官方認可報告，我方再配合抽驗把關。然而先前磋商結果顯示，日方認為輸台食品皆合格，因此對台灣的要求似乎不積極，因此食藥署期望透過日本交流協會，將願意配合的日本廠商納入合作計畫。
