此次任命為何引起爭議？
這次日本學術會議新會員任命案之所以會引發爭議，是因為自2005年修改相關法律以來，會員一直都是由日本學術會議推薦人選，再由內閣總理大臣（即首相）正式任命，至今未曾出現推薦人選不獲任命的前例。儘管菅義偉於5日親自就學術界質疑政府「侵犯學術自由」一事做出回應，除表示任命與學術自由完全無關外，也否認任命與學者過去對政府政策的態度有關。
日本学術会議の在り方 自民党作業チーム“年内めどに方針”
— 踊ウタマロ (@utamaro_) October 14, 2020
“これまで「会議」が軍事的な安全保障の技術研究に慎重な対応を求めてきた経緯を踏まえ、大学などでの研究を安全保障政策に生かす方策についても意見が交わされる見通し” https://t.co/hWUEuflbOx
不過遭到拒絕任命6名學者，並非學術成就存在瑕疵，而是清一色曾經反對安倍右翼政策的批判性知識分子。他們是東京慈惠會科大學憲法學教授小澤隆一、早稻田大學行政法學教授岡田正則、立命館大學刑事法學教授松宮孝明、東京大學日本近代史教授加藤陽子、東京大學政治學教授宇野重規、京都大學基督教學教授蘆名定道。由於他們曾經公開反對安倍的安保法制修法，尤其是限制國安外交情報揭露的《特定祕密保護法》，以及不當擴張刑罰權的所謂「共謀罪」修法，因此菅義偉拒絕任命他們為日本學術會議會員的說詞，基本上無法說服學界與日本社會，甚至被認為是對其反安倍言論的報復行動。
【社説検証】日本学術会議 産経は抜本改革を求める 朝毎東「６人排除は暴挙」https://t.co/AGTYWOf8MO
— 産経ニュース (@Sankei_news) October 14, 2020
学術会議改革は、菅政権発足早々の重要課題となった。
菅義偉9日接受等《朝日新聞》等媒體採訪時，一方面說他對於日本學術會議會員名單，是基於綜合性的整體考量，希望從廣闊的視野做出均衡的決定，希望得到國民理解。他甚至表示，是否要直接遵循日本學術會議的推舉名單進行任命，也是他一直斟酌的重點。這番話顯然意味著把6名學者刷掉，就是他自己的決定。但菅義偉又表示他看到的名單就只有99人，根本沒有被刷掉的6人姓名。這番矛盾的發言，自然也引來在野黨跟輿論不滿，況且如果有人膽敢逾越權限，代替首相刷掉被任命者，菅義偉更應該查清楚是誰所為，但政府對此質疑沒有任何說明，也完全沒有要查的意思。
學界要求補正任命、說明經緯
日本學界對於菅義偉的拒絕任命非常反感，包括2008年拿下諾貝爾物理學獎的日本學者益川敏英，14日便以書面聲明批評菅義偉的做法十分「蠻橫」，將於歷史上遭到長期批評。益川敏英所屬的「安全保障關聯法反對學者會」，同日也舉行記者會發表聲明，表示《日本學術會議法》是基於反省二戰前、二戰時國家管制學問與思想行為所訂立的規範，旨在讓學術界從政府管制中獨立，因此才會採取由學術會議推薦、首相任命的選拔形式。其實在《日本學術會議法》訂立時，時任首相的中曾根康宏在國會答辯時也曾表示，首相依據該法對於日本學術會議推舉的人選僅會進行「形式上的同意」，真正的任命權還是在學術集團的手中。
毎日社説「日本学術会議の行革論議は筋違い!菅首相は国費投入されるので検証は当然と言うが会員に固定給ない!圧力!姑息!」
— Dappi (@dappi2019) October 14, 2020
政府機関なのに日本の防衛研究を禁じる声明を出し、小泉政権時に10年以内の改革を求められても何もしこなかったことには触れず必死に擁護する毎日新聞https://t.co/QonPQgovLQ
在此立場下，出席記者會的學者認為，菅義偉作為首相拒絕任命由學術會議推薦的會員，明顯違法，同時很有可能會侵犯學術自由、壓抑學術思想表現自由，要求政府說明決議不任命的經緯及理由，並迅速任命餘下的6名成員。對於學術界的反對態度，除了菅義偉5日親自回應，內閣府副大臣三林裕巳則引用規範公務員選定及罷免權的憲法第15條回應：「作為有權任命者的首相，並非一定要依推薦名單任命，認為菅義偉不任命名單中的6人並無問題。不過包括立憲民主黨國會對策委員長安住淳、黨代表（即黨主席）枝野幸男等多名在野黨人員在內，皆表示無法接受政府的說法，強調會持續追究政府的責任。《朝日新聞》16日也刊出社論，質疑菅義偉是否要繼承安倍晉三的「負面遺產」，除了決策過程不透明、不能提出令人信服的說明，更以強權手法壓制爭議，日本政治的劣化恐怕依舊沒有盡頭。
ノーベル物理学賞の益川敏英さんからのメッセージ。「菅首相が、こんな乱暴なことをした、という事は、歴史上長く糾弾されるだろう。戦争の反省の上に作られた“日本学術会議”に汚点を残すものである。」 pic.twitter.com/Vbujx0SZvG
— たかまつなな／時事YouTuber (@nanatakamatsu) October 14, 2020
除了諾貝獎得主益川敏英之外，日本知名歷史社會學者小熊英二、哲學學者內田樹也公開表示，政府應依法任命遭到遺漏的6名學者，並對政權可能侵害學術權利表示擔憂。截至14日為止，日本已有「反對安全保障關聯法學者會」、「日本野鳥協會」、「世界自然保護基金日本分會」、「日本物理學會」、「日本科學史協會」等370個團體表態抗議；東京大學歷史教授鈴木淳與古川隆久，也在網路上收集了14萬份簽名表示反對。抗議者認為，學術不該作為政治的道具，政府的舉止根本是侮辱學術、更是破壞民主與憲政主義的違法行為，要求首相趕緊補正任命、並且詳細說明事件經緯。菅義偉16日雖與日本學術會議會長梶田隆章見面，雖然梶田隆章親手遞交了希望儘速說明與任命的請願書，但菅義偉對此沒有任何回應，他這幾天的發言也對相關問題避而不談，這場任命風波恐怕還會繼續延燒。
