國民黨新主席吳敦義八月二十日正式上任後，一直想盡早拿回黨智庫（國家政策研究基金會）的主導權，但由於黨中央與目前仍任智庫董事長的前主席洪秀柱互信不足，雙方初步溝通雖友善卻沒具體結論，交接進度也因而停滯不前，讓吳等得很不耐煩。
八月三十一日吳終於忍不住公開質疑：「現在洪秀柱還是董事長，我覺得應該要趕緊改組。」這番等同是直接趕人的露骨表態，雖讓洪非常不高興，但卻發揮了加速黨中央與洪營達成共識的效果。知情人士透露，雙方已敲定十九日召開智庫臨時董事會完成改組，由吳敦義接任董事長。|
據瞭解，吳與被內定出任智庫副董事長的前海基會董事長林中森，近日已多次討論新的智庫董事名單，只待名單確定後就可送交洪，做為董事會改組的依據，十九日前吳將與洪會面致謝。而在改組程序完成後，新、舊董事長吳敦義、洪秀柱也會依例安排餐敘。
雖然智庫可望順利交接，但吳公開喊話的動作，洪認為會讓外界誤會她有心戀棧，加上黨中央當天所發的新聞稿，也只說黨中央與洪辦協調時互動融洽，一切依照相關章程進行，並沒有幫洪澄清。據透露，自覺受委屈的洪，一度還想親自出面說明絕無拖延交接的情事。
親洪人士指出，洪在秘書長曾永權來訪時，已明確表達願配合改組，問題是黨中央一直沒提出新董事名單，她也只能被動等待，時程若有延宕，也不應怪罪洪。黨務人士則說：「一切都是誤會」，洪辦與黨中央對改組時程，早有照章行事的默契。
親吳人士表示，吳早在七月就已宣示，整合智庫與國民黨立院黨團強化監督戰力的具體構想，未來黨團首席副書記長將擔任智庫副執行長，且為有效支援黨團在前線作戰，智庫目前五個研究分組，改組後將調整為八個分組，與立院八個常設委員會對應；如今九月立院新會期即將開議，改組卻遲無進展，吳情緒上當然會有些「焦急」，但他喊話催促絕非質疑洪有意拖延。
黨務人士也透露，由於黨中央將專心衝刺明年選舉，可能無暇兼顧國共往來。吳敦義已規畫，讓本就負責國共論壇籌辦的智庫，進一步擔起經營國共關係的重任，除熟悉兩岸事務的林中森外，未來也會擴大延攬有兩岸影響力的藍營人士加入智庫。
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