然位在偏鄉離島的部立醫院，還是經常招募不到特定科別的主治醫師，此時只好徵用公費醫師；影響所及，許多偏鄉部立醫院主治醫師中，至少有3分之1到5分之1都是公費醫師，不但人事流動率高，也是部立醫院醫師常有同工不同酬現象的主因。
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所謂公費醫師的身分，其實是在醫學院招生選填志願時就決定的。早年清寒子弟想學醫又擔心學費沒有著落，就會選擇報考公費生，這樣一來念醫學院的學費不但全由國家出，每個月還能領到約3500元的零用金。「但欠國家的，是要還的！」
因此，公費生在畢業並升任主治醫師能夠獨當一面之後，都須接受衛生福利部的公費醫師分發，且被指服務的醫院，經常都是位在偏鄉離島的部立醫院；其中除了到金門、澎湖等離島醫院服務有「1年可抵2年」的優惠，多數公費醫師服務年限往往長達6到10年。
醫師的天職不就是懸壼濟世嗎？而到醫療最缺乏的偏鄉離島服務，難道不是披上白袍者最能展現其崇高理想與價值的選擇嗎？但對於部分年輕公費醫師來說，當初他們選填醫學院公費生的理由，純粹只是大學指考不小心少考了1、2分，在無法錄取醫學院自費生，又實在不甘心浪費1年重考的情況下，不得不姑且念之。
「對我來說，成為醫學院公費生是我這輩子最愚蠢也最後悔的決定。」一名曾被分發至高雄市部立旗山醫院的年輕外科公費醫師就私下分享說，多數公費醫師都須在升任主治醫師後立刻接受分發至偏鄉離島服務，對一名雄心萬丈的年輕外科醫師來說，這意味著未來幾年內可能再無大刀可開，專業面臨停滯甚至退步；此外，還必須承受與家人分隔兩地，期間個人薪資因醫院營運蕭條銳減等問題，代價實在太大了。
公費制度恐影響偏鄉醫療品質？祝年豐籲主管機關應大刀改革
祝年豐說，隨著時代變遷，相當比例年輕一輩醫師對於醫師角色定位以及自身職涯規劃的想法，有很大的變化，作為前輩醫師，只有表達尊重。然而，這也意味著，僅以大學指考分數做為錄取醫學院公費生，乃至於未來公費醫師養成對象標準的機制，恐怕已不合時宜了。
祝年豐呼籲，教育部、衛福部等中央主管機關必須痛定思痛，針對現行公費醫師制度「養不合訓、訓不能用、用不想留」等諸多問題進行大刀闊斧的改革，否則，部立醫院乃至於偏鄉離島醫療品質的提升，終將淪為空中樓閣。
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