根據史明回憶錄記載，在1947年國共內戰之際，史明已對中共這樣的鬥爭感到厭倦，並認為中共這樣的鬥爭「不會實踐馬克思主義」，也萌生了台灣應該要自己獨立的念頭，最後在大陸易主前一路突破封鎖，從青島搭船逃回到台灣。
與國民黨的「對抗」
史明在接受BBC中文網訪問時回憶，當時逃回來後不久韓戰就爆發，東北亞局勢又陷入動蕩。他曾認為這是很好的武裝反抗時機，就在1952年組織「台灣革命武裝獨立隊」，想利用在中共學習的游擊經驗刺殺「流亡」到台的蔣介石。
他後來曾說，來到台灣後，依舊看到國民黨對台灣人的屠殺，他才認為中國與台灣的漢人雖然同血緣，但是社會價值觀早已截然不同。他在現場說：「台灣人要自己管理台灣人，而不是一直被外來統治」。
在現場演講的史明，左眼失明，但聲音依舊宏亮。
不過後來事蹟敗露，史明的游擊隊槍枝被查獲，開始輾轉躲避國民黨，最後流亡到日本。流亡期間，他除了開餐館維生，也前後花了十年時間，跑遍日本國會圖書館，搜集台灣歷史資料，出版《台灣人四百年史》，成為支持台灣獨立人士的必讀作品。
在日本期間，史明成立各種台灣獨立組織，積極宣傳台灣獨立，與策動在台灣島內的地下獨立運動。終於在台灣解嚴後的1993年，史明秘密潛回台灣，在台南新營被捕，後被釋放。
爭議
史明雖然是獨派人士心中的精神領袖，但在史學界還是充滿不少爭議。 最常見的是：史明都是一方論述，很難認定他是否是真正是馬克斯主義崇拜者。
根據曾參與中共建政與第一屆中國人民政治協商會議，來自台灣高山族的田富達回憶，史明確實曾跟他們一起戰鬥過，但因為他出身地主家庭，不太受當時工農系統的八路軍歡迎，政治思維上也與多數共產黨員不合。
台灣文史工作者管仁健則認為，史明一直以來性格偏冷酷，雖然在海外宣揚台獨，但是當在台灣的台獨工作聯絡人被抓時，在海外的史明也往往不聞不問，甚至會「急於承認」，反而讓更多台獨工作者陷入危急中。史明寫的「台灣人四百年史」，也有很多學者認為出處與論述太為偏頗。
加上隨著中國經濟成長，政治上對台灣的施壓也愈趨頻繁，台獨的可能也備受質疑。在慶生會現場，面對特約記者詢問時，史明則回答，台灣人還是要先了解自己的歷史，體認到自己跟中國在歷史脈絡上是不同的，才能有團結意識。
史明說，「及早因應、先知先覺」是台灣當局的必做功課。
