歐美各國透過如彭明敏等台籍異議份子來理解兩蔣父子與他們的省籍觀，不無發生偏差之可能，然而兩蔣父子同樣也以極為有限、甚至錯誤的情報資訊來理解台灣人、台獨運動與外國勢力之間的關聯。蔣介石獲悉彭出逃後，一口咬定此乃「美國人為之，更證明美之由台灣人成立台灣獨立國以毀滅我政府之陰謀未已也」；而蔣經國更直指彭明敏出逃事件是具情報背景的美國大使馬康衛之一項「大罪行」，但美方檔案揭示，兩大情報機構中央情報局與聯邦調查局對於彭究竟如何脫逃，皆是一頭霧水，中情局還把此案描繪為一樁只有在「神秘情境」（mysterious circumstances）之下才會發生的離奇事件，並研判許多擔心人頭落地的國府情治首長，必然把矛頭指向老美在幕後指使，因為惟有將美國當作「替罪羔羊」，方能保住他們的烏紗帽。 聯邦調查局則是在該年底，案發將近一年、而且彭早已自瑞典轉往密西根大學任職後，才透過底特律機場海關人員所掌握一只來自瑞典的行李箱內，發現彭偷渡時所使用的假護照與男性假髮，進而設法拼湊起他逃離台灣的原貌。
CIA和FBI對彭明敏如何出逃皆一頭霧水
彭明敏出逃事件標誌著蔣經國過去一段時間經營與台籍人士關係的一大挫敗，但最壞局面尚未到來。一九七○年春天他應華府之邀訪美，所到之處皆有台獨社團的抗議行動，在紐約甚至發生台獨聯盟成員刺殺未遂事件，事實上在小蔣抵美之前，美安全部門早已對其即將到訪之處進行慎密評估，華府雖核准台獨團體進行和平示威，然也嚴厲要求申請人士簽字具結，確保不會發生任何意外。 然而「刺蔣案」終究還是發生了，小蔣毫不猶豫地把矛頭指向美政府，批評華府玩兩面手法，一方面熱情接待他，一方面又派台獨人士向他示威與謀刺，此時海外台獨運動確實傾向激進路線，揚言以革命手段推翻國民黨，國府駐美大使館與各地總領事館不時接獲對方的恐嚇威脅，讓台北無法不懷疑其背後必有美政府包容默許。
蔣經國剛結束訪美，國務院便開始斟酌是否向彭明敏核發入境簽證，然而此時密西根大學已向彭發出聘書，多位自由派重量級學者與聯邦參、眾議員皆向行政部門施壓，要求早日允許彭來美。 經過慎重考量後，美政府決定核發簽證，同時向台北承諾，將約束彭明敏來美後不得從事政治活動，小蔣得知此事憤怒異常，痛罵老美「卑鄙和惡毒的行為，實在已經到了忍無可忍的地步」，對於無法阻止美方決定，讓國政蒙羞，蔣自責甚深：「這是我的罪和我的過，可恥。」 此時準備接班的小蔣，在黨內承受一股壓力，讓他必須採取某些反制手段；該年秋天蔣主動約見美大使，告知準備對某些暗中支持台獨運動的美國在台公民「採取一些行動」，為避免雙方發生不快，特地先向美方打聲招呼，馬康衛聞後連忙表示，雖然美政府對海外公民並無約束力，但向來不樂見美國公民介入當地內政，遑論顛覆該國政府，他願意與國府密切配合，取得這些美籍人士的資訊並適時給予警告。小蔣罕見之舉令美方大吃一驚，私下回報華府坦言某些駐台記者如《紐約時報》的沙蕩（Donald H. Shapiro）與美聯社特派員普拉特（Leonard Pratt）等人，長久以來與本地台籍異議人士過從甚密，私下充當大使館耳目，馬康衛擔心這些人士的「特殊任務」一旦曝光，恐遭國府安全部門更嚴厲的監控。
