諾富特飯店日前爆發新冠肺炎（武漢肺炎）群聚感染，防疫旅館混居情形也備受注目。台北市政府6日拍板，未來不再受理防疫旅館分層分流。柯文哲6日晚間受訪時表示，新加入的要全部百分之百，舊的按照旅館意願，目前6家有3家要改成完全的防疫旅館，另外3家還在考慮，比較小家的沒問題，大家的要考慮一下。
柯文哲6日晚間前往中山區柯達大飯店台北天津店視察防疫旅館，會前受訪時做出上述表示。台北市目前有6家防疫旅館採分層分流方式經營，亦即在1棟旅館內，部分樓層讓居家檢疫民眾居住，部分樓層則讓一般旅客居住，包含S Hotel、北投雅樂軒酒店、松山意舍酒店、美麗信花園酒店、王朝大酒店、大直英迪格酒店，其中S Hotel、北投雅樂軒酒店與美麗信花園酒店都同意將改為防疫旅館，不收一般旅客。
另外，對於柯文哲日前表示，當初決定打疫苗的順序有戰術錯誤，現在重看一遍應是機組人員要先打。被中央流行疫情指揮中心專家諮詢小組委員李秉穎批評這「真的會笑死人」。柯文哲回應，「明天再去問他一遍，他一定不會這樣講」，因為如果在印度，當然是醫護人員第一優先，因為他們不設防，可是台灣在過去1年當中，是有特殊防疫模式，因為我們是用防疫旅館跟居家檢疫當防線。
柯文哲說，如果一開始所有機組人員都是觀察14天、比照一般旅客當然沒問題，可是後來慢慢變成3天檢疫11天自主健康管理，衛福部長陳時中問說怎麼1個月前不講，因為這個被改掉柯文哲不知道，柯文哲只負責台北市，不曉得機組人員的防疫模式。柯文哲重申，不要讓政治扭曲專業，「我醫學出身的，請去把那個從14天改成7+7、5+9、3+11，有沒有醫學防疫專家的簽字位置？一定沒有！」
