新冠肺炎疫情嚴峻，中央疫情指揮中心逐漸招架不住，病房等防疫資源開始捉襟見肘，地方政府「逆時中」讓全國防疫一條鞭也頻破功。而最讓蔡政府受傷的莫過於疫情指揮中心對苗政策的處理，尤其是對鴻海董事長要捐贈疫苗一事，指揮官陳時中回應荒腔走板，最後逼著總統蔡英文走上第一線，於五月三十一日發表談話，平息民怨。
蔡英文談話主要澄清兩點：一是押寶國產疫苗被質疑是炒股：二是否認陳時中與執政團隊打壓郭台銘、佛光山等民間組織想捐贈疫苗。而這兩個問題陳時中的處理最引發外界反彈。
國產疫苗令人生疑的「快速通關」
陳時中為了幫台灣國產疫苗預鋪「快速通關」捷徑，辯稱大部分國際知名廠牌疫苗都沒有做完三期臨床試驗就獲得「緊急授權」（EUA），而且台灣兩支疫苗第一、二階段人體試驗時樣本數較多，第二期做了近4000人，遠多於國外一、二期人數，若二期臨床試驗過了，安全性就不會有問題。
EUA目的是在社會遇到緊急公衛事件時，可以讓尚未完全獲得核准的醫療產品先被採用以拯救生命但即使獲得EUA，還是要走完三個階段的臨床試驗；且目前包括莫德納、嬌生、輝瑞等最被廣泛認可的疫苗，都是第三階段期中報告提出後才獲得美國食藥局（FDA）的EUA。更何況，三個階段的人體試驗目的不同，第一階段主要是測疫苗安全性，第二階段在確認是否產生中和抗體、有無免疫反應，第三階段才是測試疫苗防護效果有多高，三個階段試驗目的本來就不同。更何況為了緊急因應新冠疫情，各研發單位已壓縮各階段時程，如今台灣想用第二階段取代第三階段，民眾會有信心嗎？
美國去年在研發疫苗時，時任總統的川普（Donald Trump）希望FDA加速疫苗上市流程，以做為自己的政績，但FDA的官員、專家還是秉持科學專業，發布嚴格的技術準則，要求藥廠要按部就班地完成各階段試驗。
錯誤政策延誤自製疫苗戰略
蔡英文說：「擁有自己可以供應的疫苗，是我們國家戰略的優先項目。」這句話沒錯，但回頭檢視這一年多來本土疫苗發展之路，到底此一國家戰略目標至今未能實現的主原為何？的確，台灣生醫科技從學界到產業界的資源無法和歐美相比，發展國產疫苗不可能像歐美快速，但另一方面，台灣醫政單位策略選擇錯誤，繞了一圈冤枉路無所獲要負很大責任。
原本衛生署想走印度、南韓的路，努力爭取像AZ等國外發展較快的疫苗授權、代工，而對國內自行開發疫苗沒抱那麼大期望。衛福部到去年7月底才公布「研發COVID-19疫苗」補助計畫，台灣的生技公司直到去年8月才取得第一期臨床試驗的核准。不過爭取代工這條路走的不順，去年7月政府指示國衛院積極和AZ展開接觸，最後還是破局。原因在於國外藥商要求台灣要提供一億劑產能，這遠超過台灣生技產業的負荷。
