本土疫情嚴峻，為配合中央疫情指揮中心全國疫情三級警戒延長至6月14日，台鐵局6月1日宣布第3波停駛計畫，原先於端午節連假（6月12日至6月14日，加上假期前、後一天共計5天）加開的120班次全部取消，而且9日至14日止，再停駛平日各級列車71個列次、假日各級列車91個列次。
台鐵局說明，為配合防疫需求，18日起調整票務系統配座程式，採交叉式配座方式售票，在座位充裕狀況下，單人乘車將優先販售靠窗座位，鄰座暫不予發售；雙人以上乘車考量親子、需照顧之年長者等需求，仍發售相鄰座位為原則。另25日起再調整針對列車座位利用率較低之車次及無同行之旅客，依分散旅客座位、維持適當間距之原則販售列車座位。
因列車停駛受影響旅客，台鐵將協助退換票或改搭當日最近班次列車繼續行程；已購票旅客不限搭乘區間，均可自票面乘車日起1年內，持原車票至台鐵各車站窗口辦理退票，免收手續費，已完成網路付款未取票之車票及台鐵e訂通退票之車票，手續費由台鐵統計批次退款。至於已購妥端午連假期間車票旅客，台鐵請旅客再確認所乘車班次是否有變動，提前辦理退票或變更班次。
台鐵提醒，5月15日至6月14日各級對號列車（太魯閣號、普悠瑪號、自強號、莒光號及復興號）禁止站票（無座）搭乘，持用定期票或悠遊卡、一卡通等電子票證旅客，請搭乘區間車或區間快車，若持站票（無座）搭乘對號列車，台鐵將予勸導請其下車，勸導不聽者，將移送鐵警局交地方衛生單位裁罰，同時提醒旅客乘車務必遵守相關防疫規定。
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