6月3日晚大約10時，中共當局發布緊急通告，宣佈戒嚴部隊將強行清場，並強調，「如遇阻攔，戒嚴部隊可以採取各種自衛措施和一切手段予以排除」。從6月3日深夜10時起至6月4日凌晨，荷槍實彈的軍隊，在坦克和裝甲車的武裝下，在北京城的大約190多個地段與手無寸鐵的學生與市民發生激烈衝突。
根據歷史文獻學者，八九民運的參與者和見證人吳仁華的研究，當年中共共調集了19支部隊，差不多20萬名軍人，進駐北京實施「戒嚴」。這其中包括38軍等14個陸軍集團軍、空降兵第15軍、天津警備區的坦克師等。
吳仁華當年親歷了中國軍隊對天安門廣場武力「清場」的全過程。他親眼目睹了中國軍人開坦克當街殺人。
他在2019年參與美國之音節目時說：「6月4日6點多鐘，我與大約3000名的同學撤離到了西長安街的六部口。我們靠在路邊行走，當時有三輛天津警備區第一師的坦克發射軍用毒氣彈，導致北京商學院的一名19歲的女學生龔紀芳因為吸入過多毒氣，造成呼吸系統糜爛，後來不幸死亡。 在那個地方，一輛編號106的坦克從後面沖入學生隊伍，導致11名學生當場死亡，受傷者更多。」
吳仁華說，正是這段特殊經歷促使他後來成為歷史學者，專門研究「六四」問題，誓將真相告訴世人。他目前已經完成了三部關於「六四」屠殺真相的著作：《天安門血腥清場內幕》、《六四事件中的戒嚴部隊》和《六四事件全程實錄》。
1989年，方政是北京體育學院的大四學生，他就是吳仁華提到的「六部口慘案」中的傷者之一。那一天，他的雙腿遭到了坦克的碾壓。方政告訴美國之音，當時，他跟撤退的天安門廣場學生走在西長安街，爆炸的濃煙中沖出坦克，他迅速把一個昏倒的女同學往路邊護欄上推，自己卻來不及躲避。
方政說：「把她往前一推，自己迫於坦克的壓迫感，時間非常短，我就倒到地上，然後就感覺好像一個人 被擠壓的感覺，我那時還有點意識，壓到了。拖在地下，我整個人咚咚咚顛簸，震動，然後，咚，掉下來了。」
一直以來，中共避重就輕地強調天安門廣場範圍內無人死亡，但事實上有不少人死在天安門廣場。更多的人則死在廣場之外，其中西長安街的木樨地、西單路口、天安門廣場南面的天橋、珠市口和前門一帶，以及東長安街的南池子據信是死亡人數和流血最多的地方。
1989年6月4日早晨6點25分，北京國際廣播電台的一則消息是這樣寫的：「請記住1989年6月3日這一天，在中國的首都北京發生了最駭人聽聞的悲劇。成千上萬的群眾，其中大多是無辜的市民，被強行入城的全副武裝的士兵殺害。遇害的同胞也包括我們國際廣播電台的工作人員。士兵駕駛著坦克戰車，用機關槍向無數試圖阻攔戰車的市民和學生掃射。即使在坦克打開通路後，士兵們仍繼續不分青紅皂白地向街上的人群開槍射擊。目擊者說，有些裝甲車甚至輾死那些面對反抗的群眾而猶豫不前的步兵。」
