這位日裔總統一生功績評價兩極，90年代上台之初，秘魯正面臨叛亂危機，國內不少地區被左翼極端組織控制，包括「光明之路」（Shining Path）等等，藤森賦予軍隊極大權限，大力清剿恐怖組織，終結了瀕臨內戰惡夢。
經濟方面，藤森任內擁抱外資大舉投資礦業、觀光業與能源產業等等，積極讓秘魯進入全球經濟體系，又推動國營企業私有化、加強改善通訊基礎建設，1992至2001年間秘魯國內生產總值以約每年3.76%高速成長，通貨膨脹和失業率大幅。
反之，藤森也被批評靠著「民粹專政制度」達到亮眼成績。反恐行動期間，藤森政府授權的軍隊多次嚴重侵犯人權，例如因懷疑農民幫助游擊隊，而屠殺整個村落近50人等，藤森在下台之前特赦了在他任期內觸犯人權罪行的軍警。
反對者也指控，藤森任由外資以極低價格大量開採自然資源，壓迫雨林原住民生存空間、嚴重破壞環境，國企私有化的收入大部分都流入以藤森家族為中心的政商貪腐網絡，同時，藤森還與情報局以竊聽等手段監控全國，塑造無人敢反對的戒嚴氛圍。
1990年代末期，藤森的作為漸漸遭反對黨披露，藤森的情報首長蒙蒂西諾斯（Vladimiro Montesinos）行賄國會議員罪行全被錄下，在電視台公然播放，藤森遂於2000年出訪日本時突然以email辭職，從此流亡日本。藤森的父母在他小時候幫助他保留了日本國籍，加上1997年日本駐秘魯大使館發生游擊隊挾持人質事件，藤森政府堅持不肯妥協，以突擊行動救出大部分人質，僅有一名人質死亡，因此在日本民間印象極佳，得以在日居留。
2005年藤森出於不明原因逃回智利，智利當時與秘魯交惡，但在近2年交涉下，最終仍同意引渡藤森回國受審，藤森被起訴的罪名包括濫用職權、指使他人非法搜查、挪用公款交予情報機關、授權竊聽、行賄以及踐踏人權等等，2009年遭判25年有期徒刑。
藤森自2013年以來，已3度申請特赦，但都遭到駁回，因醫師表示，藤森未患不治之症或嚴重的精神失常。根據秘魯法律，因謀殺或綁架定罪的犯人，唯有身患絕症才能獲總統特赦。
家族活躍於政壇
藤森一家都在祕魯政壇十分活躍，過去經常成為政治風暴焦點。藤森謙也的前妻為蘇珊娜‧樋口（Susana Higuchi），也是現任國會議員，她在1994年控告藤森虐待並訴請離婚，是率先站出來揭發藤森醜聞的重要人物。她還曾自組政黨，試圖競選總統以對抗藤森，但藤森發動國會立法禁止總統近親參選公職，樋口只能退選，兩人最後於1998年離婚。
蘇珊娜‧樋口離家之後，當時僅19歲的女兒藤森惠子接下了「第一夫人」責任，經常陪同父親出席政治場合，聲望也水漲船高，現年40歲的惠子已是反對黨黨主席，也是最有可能繼承父親衣缽的政治人物。2006年父親被捕時，惠子順利當選國會議員，2011年參選總統而敗選，2016年再次參選仍以些微差距敗給現任總統庫琴斯基。
藤森謙也的次子藤森健二目前也是國會議員，在2011年與2016年兩度當選。
