行政院於5月19日宣布「簡訊實聯制」上路，盼相關措施能協助疫調，近來卻被地方政府質疑實聯制難用。對此，中央流行疫情指揮中心29日重申，簡訊實聯制是為方便民眾及商家落實實聯制措施、減少紙本紀錄的接觸，並有助於疫調人員掌握個案相關活動史及匡列接觸者等，相關數據之使用，均有其合法性、正當性、必要性，且絕無違法情事。
指揮官陳時中說明，「簡訊實聯制」5月19日上線後，於6月3日起啟用實聯制資料調用機制，以供地方政府衛生局有疫情調查需求時，向指揮中心申請調閱，經審核通過後將調閱資料回復，大多數申請調用案件可於1日之內提供資料。
陳時中：調用量前3名為桃園、高雄及台中衛生局
陳時中指出，截至29日，已有宜蘭縣、花蓮縣、南投縣、屏東縣、苗栗縣、桃園市、高雄市、基隆市、新北市、新竹縣、嘉義縣、彰化縣、台中市、台北市、台南市、澎湖縣，共計16縣市政府衛生局調用303項資料，調用量前3名依序為桃園市衛生局、高雄市衛生局、台中市衛生局。
針對外界質疑的合法性、正當性及必要性，指揮中心強調，衛福部依《傳染病防治法》第37條第1項第6款，公告《嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）第三級疫情警戒標準及防疫措施裁罰規定》，規定外出時應全程佩戴口罩，並配合實聯制；行政院為遏止疫情擴散，並減少實聯制紙本填寫之接觸，推出「簡訊實聯制」，供民眾及商家使用。
正當性的部分，指揮中心重申，簡訊實聯制係於經得使用人同意下，掃瞄QR code即完成實聯制措施；而「簡訊實聯制」並不會留下個資給店家，所留下的活動史簡訊，電信業者也只保留28天，且僅供指揮中心疫調使用，不會做目的外利用。
指揮中心進一步說明，在疫調工作中，衛生單位人員須掌握確診個案相關之活動資訊，以即時展開接觸者匡列、環境清消等各項防疫措施，故適當的運用簡訊實聯制相關資訊，對防疫推動有實質的幫助。
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