據了解，印尼早在上世紀九十年代中已就中國出版的地圖把海底基延伸至納土納群島表達不滿，軍方曾於一九九六年九月初舉行為期半個月的海陸空軍大規模演習，出動兵員兩萬人、軍艦五十艘和戰機四十架，當時輿論界認為軍演主要是劍指北京。如今，軍方說要加強納土納防務，使人聯想起是為了應對中方的強勢作風。
就中方對納土納海域主權訴求紛擾，國際海洋法專家哈沁姆．查拉爾指出，當年印尼外長阿拉塔斯曾要求北京作出澄清，但至今未獲得回應，中方沒對其依據九段線把納土納海域列入版圖作出解釋。他也質疑往後中方會作出令印尼滿意的說明。國會國防與外交委員會議員格多巴蒂則表示，印尼必須就中方對納土納海域的主權訴求採取明確立場，因為該訴求將對納土納海安全產生極大影響。他說，中方必須全面解說把納土納載入其地圖的目的，面對北京的態度，印尼無須感到恐懼。國會同意軍方在該區域增強防衛力量的計劃。
要求說明九段線依據
繼軍方和國會表態後，外長瑪爾蒂說，印尼已於二零一零年透過聯合國要求中方就所制定的九段線作出說明，並表示不接受北京在中國護照上印製九段線領海劃線。但瑪爾蒂重申，印尼和中國之間沒有領土糾紛，目前在南海主權紛爭中也是如此。不過，他又說，為維護包括納土納在內的國家領土完整，印尼將寸土必爭。印尼政府強調，關於納土納問題，印尼與中國之間不但沒有紛爭，反而正在探討雙方在該群島進行投資合作的可能性。事實是否如此，進一步發展將予證明。
