前民進黨主席施明德日前質疑總統馬英九清廉，並於昨（3）日批評馬英九傲慢、敷衍。對此，前總統府秘書長羅智強於臉書諷刺施明德「學會『站對邊』的『智慧』」。
施明德於元旦投書《蘋果日報》，質疑馬英九的清廉，指出馬英九2012年的競選經費僅申報4.4億，比當時參選的民進黨主席蔡英文少了3億多，極可能匿報實際帳目；另外，施明德也質疑，當時馬英九允許前味全董事長魏應行帶雲林縣農業處長到總統府做簡報，隨後又指示農委會主委陳保基到101和魏家開會，事後魏家果然取得兩岸農產統包。施明德痛批，馬英九的行為已違憲，並要求馬英九說明，是否有對其他財團做類似的行為？施明德並表示，馬英九卸任後，極可能遭判刑入獄。
對此，國民黨發言人陳以信回應，2012總統大選與立委選舉合併，所以馬英九的競選廣告多與國民黨結合，加上馬英九是二次參選，相關造勢活動也辦得比較少，進而導致競選總經費少於蔡英文。
至於頂新相關指控，總統府則表示，當時魏家在農曆年前，到總統府禮貌性拜會，言談間僅提到頂新營運現況與彰化祖厝整修情形，但並沒有請託任何事情。至於魏家與陳保基會面是在與總統會見6個月後，兩者並無任何關連，陳保基也已澄清。至於頂新在台一切投資行為，都由各主管機關依法管理，並由市場機制決定，政府絕無包庇，食安風波爆發後，政府也秉公處理。總統府並表示，施明德所有指控應提出相關證據，切勿抹黑。
對此，施明德於3日下午在臉書表示，總統府和國民黨的聲明沒有說服力、難以暴露真相，是「權力的傲慢」。施明德並批評，這顯示馬英九以「實質影響力」治國，與陳水扁如出一轍；他也進一步指出，總統府聲明中提到「頂新一切行為由市場機制決定」，但一毛錢都沒拿回台灣的頂新，卻能在台灣「吃銅吃鐵」，甚至匯50億回中國。施明德痛批，如果放任這樣的「市場機制」，那台灣已經到了非革命不可的地步！
施明德接著表示，國民黨中央替馬英九回應政治獻金議題，試圖將馬英九隔在火線之外，但通常巨額捐款，當事人鮮有不知者，更何況魏應州還是馬英九馬英九後援會副總會長，「出力之外，沒有出錢？」施明德批評，這根本是此地無銀三百兩，且馬英九持續拿舊資料搪塞，十分敷衍、傲慢。他並表示，在野黨挺身而出採取應有的政治行動，已責無旁貸。
