臺北市長柯文哲5日上午出席台北市聯合醫院總院長交接典禮，針對前總統陳水扁今日保外就醫，柯文哲認為，「放他回去才是問題的開始」，第一個想到的是在沒有特殊看護環境下，跌倒的問題。此外，他發現目前法律沒有明文規定何種情況可以保外就醫，他認為，由典獄長、法務部片面決定，不是很理想。
柯文哲表示，陳水扁回家以後的生活不是那麼容易，他第一個想到的是跌倒的問題，因為監獄的環境都有特別設計過，廁所有整修過防跌倒，柯說，「其實放他回去才是問題的開始」。由於近期忙於市政，他說自己沒有時間去開醫療小組的會議，到底誰要照顧阿扁回家後的安全起居，他也還不曉得，呼籲醫療小組把這些問題處理好。柯也說，若有機會去高雄，他會去探視扁。
民進黨立委邱議瑩等人認為法務部的政治凌駕醫療專業，對身體不適的受刑人，給予標準不一的裁量，且見解多次與專業醫療機構不同，因此提案修正《監獄行刑法》，去掉法務部的裁量空間，柯文哲對此回應，「凡事不以個案處理」。
柯文哲表示，從阿扁的個案，他發現到目前法律沒有明文規定，什麼情形可以保外就醫、需不需要委員會來評定、怎樣情形可以通過，他認為，台灣保外就醫的制度必須建立，「否則只由典獄長、法務部片面決定，不是很理想」。
