1986年12月，在李筱峰、張炎憲等歷史學者協助下，台灣開辦第一場二二八學術研討會，當時在辦黨外雜誌的鄭南榕說要辦平反運動，因此在1987年的2月28日，陳永興等人召開記者會，提出國民黨應道歉、賠償、公布歷史真相、建二二八紀念館等訴求，「當時台灣嚇壞了，戒嚴還沒解除，朋友說你會給人家抓走，國民黨在執政，怎麼可能道歉？」
「滿清屠殺漢人都沒道歉了」 當時行政院長竟這樣回應
陳永興也回憶，當時行政院長俞國華回應：「滿清入關屠殺漢人都沒在道歉了，國民黨殺台灣人是要道歉什麼？」對此，陳永興嘆：
「他把內心想法說得很清楚，中國歷史就是殺殺殺，怎麼要道歉，但他不知道台灣已是文明法治社會了，日本時期的台灣人已經知道什麼是民主了，沒想到國民黨不是，他們停留在古代，做皇帝是可以隨便殺人的──你們看現在習近平又做皇帝了，中國死多少人他們是不在乎的，天安門死了多少大學生，國民黨也是這樣的，這種外來中國政權本質沒有改變，他的本質沒有民主化。」
「我們要用眼淚洗加害者手的血，可是加害者的手伸不出來」
憶起1986年舉辦二二八演講，陳永興說，當年還沒有《集會遊行法》，每一場集會遊行都是非法，場場遭軍人組成的鎮暴部隊包圍，群眾只要開始遊行就會被打得頭破血流，但陳永興堵軍人不敢開槍，因此忍痛撐過去：「幾千個人啊，他鎮暴部隊怎麼圍都圍不住的，每一次我遊行，團管區司令就下台，我們那年讓台灣掉了10幾顆星星啊！」
陳永興回憶，當時二二八受難者家屬依然不敢出來講話，不敢想像有人敢挑戰國民黨的禁忌，但第二年就不一樣了，很多家屬出面說話，學術界、文化界與宗教界等也力挺，當時就在討論要立法給受難者家屬賠償。1987年，蔣經國也終於宣佈解嚴，「他知道民意力量不是他能擋的。」
平反運動經過30年，陳永興嘆「轉型正義還沒實現」，例如「加害者」匿跡即是一例：
「當年抓人殺人的都還在，憲兵還在、情治機關的人還在，二二八情治單位史料還沒清完，我沒看到憲兵的……台灣很奇怪，加害者不見了、共犯結構一大堆，我們這是一個沒有反省能力的社會，所以說這個人民要覺醒啊！我們要團結、用眼淚洗加害者手的血，可是加害者的手居然伸不出來，這個社會沒有是非公義，是要怎麼往前走？」
從事平反運動30年 陳永興勉後輩：站在台灣犧牲的路上，找到台灣未來
陳永興強調，面對「中國打壓獨裁政權要來蹂躪台灣」，台灣2300萬人是命運共同體，但目前的共犯結構不認為自己是台灣人、「不來跟我們握手」，若台灣沒有是非公義，無法團結對抗中國威脅。
陳永興表示，雖然28日二二八紀念公園也有舉辦官方紀念活動，他向來不會去參加，「但學生請我，我一定會來。」陳永興最後也勉勵在場年輕人，莫忘過去歷史犧牲，一起找到台灣的未來：
「你們要站在爸爸阿公的肩膀上、台灣犧牲的那條路上，找到台灣的未來……台灣人過去讀書人就知道台灣要成為獨立國家，這個夢經歷三代都還沒實現，你們是第四代的年輕人，不要被別人覺得我們是三流國家、連自己名字都不敢講的國家！」
