由於Omicron病毒株的肆虐，日本昨天（12日）才傳出新增13244人確診，今天（13日）更傳出一舉突破1萬8千人，疫情連續兩天維持在五位數高檔。共同社指出，這兩天的數字已創下去年第五波疫情以來的新高，東京感染者超過9成都是感染Omicron病毒，在全國範圍內也高達8成4。《產經新聞》更引述專家說法，倘若接種疫苗比例等條件不變，到了3月3日東京的新冠患者最多恐突破40萬人。
自從東京奧運在去年8月8日落幕後，日本的第五波疫情也逐漸平息。日本全國的單日新增確診去年9月9日最後一次突破萬人（10396人），之後就一路落到10月3日的千人以下（967人）。此後日本疫情大致維持在每日新增數百人的低檔，當鄰國南韓去年12月3日爆出一波單日新增萬人確診的嚴重疫情時（10295人），日本當天僅新增141人感染。不過隨著Omicron病毒株入侵，日本的疫情也開始急遽拉升，1月4日當天的新增確診才剛突破千人（1149人），不到十天已來到13日的18673人。
《毎日新聞》與日本放送協會（NHK）報導，這波疫情仍是以都會區的東京與大阪最為嚴重，13日分別新增3124與2452人，而且兩地都是第五波疫情的新高。其中東京比12日的單日確診數增加了一千人左右，到13日為止的7日平均新增確診數是1503.4人，比起上一週增加了689.6%（將近7倍），可見疫情惡化的迅速程度。
在東京13日新增的3124名確診中，比例最高的是20多歲的年輕世代（約35%，1093人），其次是30多歲的616人（約20%）。這也意味著光是20到40歲的年輕人，佔去新增確診的半數左右。至於完整接種兩劑新冠疫苗者則有1549人，大約也是13日新增確診的半數。其餘包括沖繩（1817人）、愛知（1036人）、兵庫（904人）、神奈川（842人）、廣島（805人）也都是疫情的高燒區域。
《產經新聞》報導，在13日召開的東京都新冠疫情監控會議中，與會專家警告政府必須盡快調高防疫層級，因為這波疫情可能會嚴重衝擊經濟活動與社會生活，包括醫療系統可能也會因為湧入大量患者以及需要特別照顧的重症病患告急。7人專家小組更提出未來兩個月的感染推測，認為東京都的單日確診數這幾天恐怕就會突破萬人，東京大學教授仲田泰祐甚至認為1月底有機會突破單日兩萬人。
雖然根據西方國家的經驗，Omicron的重症比例似乎不高。但NHK指出，厚生勞動省的公開資料顯示，新冠感染者的重症比例確實在高齡者或者有基礎疾病的高危險群特別嚴重：若以30多歲患者的重症比例為基準點，對40歲以上的患者來說，新冠重症比例將是30多歲患者的4到78倍（40多歲為4倍、50多歲為10倍、60多歲為25倍、70多歲為47倍、80多歲為71倍、90多歲為78倍）。NHK警告，即便Omicron的重症比例不高，在傳染率大增的情況下，確實仍有讓住院病患大為增加的風險，高危人群也須特別提防染病。
面對急速擴大的Omicron疫情，日本也面臨控制感染與開放經濟的兩難。不過日本醫師協會會長中川俊男12日也在記者會中建議政府，雖然要避免醫療體系的資源因為疫情陷入緊張，但也要兼顧社會活動的必要性，對於民眾工作的限制方式應當重新檢討。目前岸田文雄政府已經宣布將外國人的入境限制延長到2月底，施打第三劑疫苗的間隔時間也會視情況縮短。不過愛知縣立大學教授清水宣明對《每日新聞》表示，由於Omicron變異株已在日本國內傳開，把重點放在邊境控制已經意義不大。
清水宣明建議，日本政府應該針對Omicron的特性重新制定防疫對策。否則在這支變種病毒傳染力更強的情況下，要是維持過去的應對措施，日本的醫院病床與隔離設施很快就會耗盡，政府應當將重點擺在防止重症與死亡，針對治療順位做出明確規定。否則在醫療系統負荷過重的情況下，除了難在短時間內處理所有的感染者，醫療從業人員的缺勤情況恐怕也會增加。若是演變到這種地步，社會機能很快就會受到影響、難以維持原來的運轉狀態。包括經團聯會長十倉雅和、東京醫科大學特任教授濱田篤郎都指出，政府應當參考國外的最新作法，在維持社會機能的情況下進行應對。
