台鐵公司化引發全日本鐵路工會總聯盟（JR總聯）關注。JR總聯4月25日發了1封信給中華民國總統蔡英文，指從其經驗來看，「貴國政府提出台灣鐵路公司化法案，將堵住事故原因查明之路⋯⋯，不得不擔心再次奪走鐵路使用者和在現場工作的鐵路工人的生命」，因此「要求撤回貴國欲推進的台灣鐵路管理局公司化法案提交到立法院的決定，並接受與台灣路工會的協商」。不過，總統府回應，「台鐵改革刻不容緩」。
交通部推動台鐵公司化引發台鐵員工不滿，發動五一勞動節不加班行動。JR總聯為此發出1封信給蔡英文，聲援台鐵企業工會，由於該文以中文書寫，有網友質疑台鐵工會假冒JR工會發文，不過台鐵工會證實此文為真，因為怕國人看不懂，因此用中文版。JR總聯全文如下：
「中華民國總統 蔡英文 樣，我代表全日本鐵路工會總聯盟（JR總）的3萬名成員，要求撤回貴國欲推進的台灣鐵路管理局公司化法案提交到立法院的決定，並接受台灣鐵路工會的協商。
我們接到報告說，作為台灣接連發生的列車脫軌事故的解決方法，中華民國政府提出了將台灣鐵路管理局公司化的法案，法案中沒有涉及到安全問題。
4月25日是17年前在日本西日本旅客道（JR西日本）福知山線發生列車脫軌、翻車、奪走107人生命、造成多人受傷的事故的日子。我們JR總聯一直呼籲，與工會成員一起查明事故原因，JR西日本的盈利優先經營態度和對犯錯的司機進行懲罰性教育的企業體質是事故的幕後主使。日本國土交通省設置的事故調查委員會認定這些人的經營態度、企業體質是事故的幕後要因，也被記載在事故調查報告書上。
從我們的經驗來看，作為此次列車脫軌事故的解決方法，貴國政府提出台灣鐵路公司化法案，將堵住事故原因查明之路，沒有適當的對策，因此，不得不擔心再次奪走鐵路使用者和在現場工作的鐵路工人的生命。
由於貴國政府此次提出的鐵路公司化法案中沒有對鐵路安全的看法，而且無視了鐵路工人的意見，因此，JR總聯支持台灣鐵路工會提出的撤回法案的要求，並要求貴國政府承認台灣鐵路工會的呼籲，並接受與台灣鐵路工會的協商。」
對於JR總聯表態，總統府發言人張惇涵27日表示，總統府尚未收到這封信，「然而，台灣人民對台鐵都有深厚感情，台灣社會對台鐵改革也有高度期待，台鐵改革刻不容緩」。
張惇涵：在台鐵改革過程中，沒有人是被改革者
張惇涵表示，行政院已經提出台鐵公司化的修法草案，目標是要創造三贏，要守護乘客旅運安全，同時確保台鐵員工權益不受影響，並且提升台鐵經營效能。
張惇涵再次強調，在台鐵改革的過程中，沒有人是被改革者，全民利益才是共同目標。總統府期盼，能夠結合眾人之力，與台鐵員工充分溝通，大家一起努力，讓台鐵更好。
