但是在1996年，台灣舉行首次總統直選，引起中方相當不快，並以武力恫嚇，讓美軍航空母艦更一度協防台灣。
丁樹範稱「台海危機」為「六四後遺症」，他說：「六四天安門事件後，美國柯林頓政府對中國失去信任，重新檢討美台關係。隨後台灣走向民主化，中國也開始擔憂，美方是否想改變美中台關係結構，最後在總統直選時，中國才會對此大動作反制。」
在渡過台海危機後，美方也加速與台灣軍事交流。在AIT牽線下，美方固定派遣軍事高層來台、也允許台灣的軍校畢業生赴美軍校就讀、台灣的參謀總長也開始能赴美訪問，美台關係在此時又重新穩固。
「麻煩製造者」
進入2000年後，台灣由陳水扁當選總統，而陳水扁當初對於台灣主體意識的堅持，並採取許多「去中國化政策」，一度讓美方認為「太過躁進」。
甚至中國媒體還曾提及，前中國政協主席賈慶林透露美國小布希總統曾向中國國家主席胡錦濤稱陳水扁為「麻煩製造者」，但遭到美方否認。
陳水扁後來在卸任後的2009年一度稱「當年常受到AIT指示做事」，一度讓統派政治人物指陳水扁犯了「外患罪」。而不論與否，包括隨後的馬英九與蔡英文等總統，依舊與AIT保持緊密友好關係。
曾拜訪過AIT的丁樹範，形容AIT就像是「大型船艙」，各部門間就像每個艙室般不互通，資訊保護相當緊密：「每個部就像是個船艙有閥門一般，如果被攻擊進水，其他的閥門可以迅速關上。」
美軍陸戰隊進駐？
一直以來，AIT都有美軍陸戰隊進駐的消息，讓中方也甚為氣惱。隨著新居落成，」陸戰隊進駐「不免也成為媒體追逐的問題，AIT主席莫健對此態稱，美方不會對維安措施評論，但「美籍職員的維安」是不會變的。
丁樹範則說，陸戰隊的編制一直都在，只是以便服之姿守住AIT內的重要處室，如過往的電報室等。他認為，中方對於陸戰隊議題常反應過度，就場合上來說，美方也不會讓他們真正穿軍服執勤，因此過度討論，也不過是個「假議題」。
從台北市繁華區遷往內湖的新開發區，丁樹範認為AIT新館不妨看作美台間各項關係進一步強化的驗證：「確實就我所知，美國在台協會內不論是經貿、金融與國防的編制都有增加，證明需要更大更好的設備。」
對於往後的中美台三方關係，丁樹範分析，目前美中依舊在商貿上有許多角力，比如限制中方投資、未來可能也限制中國學生，某種程度來說，對台灣也是對美關係加溫的好機會。
然而他也點出中方對台祭出「惠台政策」，全面拉攏台灣經濟社會，對外不斷打壓台灣外交的兩面手法，是考驗台灣人民的耐性。「中方當然會再美台關係間煽風點火，因此是否會被撕裂，美國在台協會在美台間有其角色重要性」。
從當初斷交的風雨飄搖、到見證台灣解嚴邁向民主化、直選總統至今。美台關係並未真正被美國放棄，而以AIT的樣貌見證更多歷史時刻，往後的美台關係，這個「美台關係精神堡壘」，依舊牽動美中台三方局勢。
