「我認為他抓我也是對台灣公民社會的警示、特別是2014年的公民運動，他希望緊縮中國公民運動的迴響……這是我出事後才回想的。」2017年3月份，李明哲自澳門入境中國打算拜訪一一拜訪捐助政治犯與家屬的夥伴，「網路當然可以講，但見到面比較好談」，這件事他歷年都在做，沒想到這次就被抓了。
「我猜我進去大概就被請『喝茶』喝個幾天吧，可能被關幾天就驅逐出境了──結果，我自己也誤判了。」2017年3月19日李明哲被捕，原本跟一位中國朋友約在珠海碰面，沒想到見不到人、電話打不通，朋友開始在網路上找人，接著聯繫到群組裡的台灣人、從臉書找到李凈瑜。這消息被中國網友報給《自由亞洲》電台後台灣《自由時報》又跟進報導，接著就一堆記者圍到李明哲任職的文山社大，這時還沒有任何人知道李明哲為何被抓。
3月24日，文山社大與人權團體召開記者會、希望中國公佈海關畫面，29日中國國務院台灣辦公室便正式公佈李明哲因涉嫌「危害國家安全」正在接受調查。回想這段，李明哲認為，人權團體的訴求確實有影響中國：「一般中國人失蹤大概5、6個月沒消息是常見的，但因為整個台灣社會有聲音出來、NGO提出呼籲，3月29日我的安危至少被證實了──當時我太太雖然很緊張，至少知道李明哲不是被強盜抓走了、心先安下來，再來講後面的事。」
家人知道李明哲在哪了，但李明哲尚未被正式逮捕，而是被中國的「指定地點限制住居」制度囚禁，這制度原先立意是保障人權，但在中國已被國安部門用來限制政治犯自由──因為還沒正式逮捕，政治犯無法請律師、家人見不到、甚至不讓政治犯看任何有文字的東西與電視，國安部門派兩個人緊緊監視著，包括上廁所、洗澡都隨時在旁邊。
「他除了審問我，剩的時間我完全沒事，白天我躺在床上睡不好、晚上也睡不著，但還是躺著……」李明哲道出的狀況，無疑是酷刑：
「他會讓你對時間完全沒概念，他把對外窗用黑布整個擋著封死，那兩個看守我們的人也被限制不能跟你講話，絕對不能告訴當事人說現在是幾點──他們可能有研究，當一個人對時間失去概念，這個人精神更容易崩潰，雖然我用他們給的紙筆記今天幾號，精神還是非常差……為何有些中國政治犯出獄精神萎靡或失常，可能都是因為『指定地點限制住居』太久、甚至到幾年，他沒有進入正式逮捕什麼都無法做，就只是每天被軟禁……」
妻子高調對抗中國、國際救援成保命關鍵：這樣我的心智才能被保存、不會失去對未來的希望…
中國的「指定地點限制住居」可長達數年、精神折磨生不如死，李明哲如今還能保有健康心智，最重要的或許正是「國際救援」之影響：「我認為因有國際救援開始，所以中國對我的處理『稍微符合一點他的法律』──這不是恩惠喔，只是符合他的法律，他原本就規定『指定地點限制住居』期限45天、有必要才延長……其實中國很多法律本來都制定得還可以，但都被開了個後門、為了『國家安全』就可以不照做，中國給我很多『恩惠』都只是依法行政而已。」
