受到九合一狂拿十三席縣市長的影響，民進黨在執政縣市都彌漫著一股樂觀的氣氛，也讓黨內天王們蠢蠢欲動。傳聞前行政院長謝長廷有意重出江湖，在左楠區參選立委；消息一出，令陳菊及黨中央都高度關切，也打亂了陳菊原先規畫的布局，近年與菊姊走很近的前副市長陳啟昱，去年選舉時曾答應讓市議員林瑩蓉參選立委，因此不惜一切也要防堵謝長廷。
於是，趕在立委黨內初選登記之初，指派剛卸下高雄市副市長的劉世芳披掛上陣，想卡死謝長廷。謝長廷對此憤怒不已，在黨內選舉對策委員會的會議中，表明自己不想選立委的想法。
令陳致中感到意外的是，去年選舉時，力邀他站台的陳信瑜也登記同一區的黨內初選，更被外界解讀是長扁之爭，因為陳信瑜正是謝系人馬。而登記截止前一天，也就是3月5日，部分黨內人士還接到簡訊，直指陳致中受到黨中央、謝系及陳菊等人的夾攻，萌生退意；更離奇的是，陳其邁與陳啟昱分別都在隔天接到來自市府高層的電話，催促他們兩人去登記參選，兩人婉拒後，高雄市前海洋局長賴瑞隆才在最後一刻登記，更令眾人譁然，「這到底是怎麼一回事？」
賴瑞隆的奇襲 陳菊的活棋
賴瑞隆與菊系的關係不深，不如劉世芳是菊姊的自己人，外界一度以為是賴的個人行為，除了熟知內情的人士外，殊不知這其實是為了往後的協調，預先安下的籌碼，陳菊的盤算是，希望能勸陳致中、陳信瑜都退選，若兩人都退，賴瑞隆也會退，屆時再另外拱人參選。
豈料，陳信瑜在謝的支持下，無論如何都不願退選，因此，後來陳信瑜的助理放話罵陳菊「吃相難看」，之後到市長室下跪認錯，黨內人士都懷疑背後是謝系的操作。
然而，陳信瑜陣營的罵人與下跪這兩招，後來卻反而招致空前的反效果，一度領先賴瑞隆二十多趴的優勢，短短兩天內大逆轉，加上陳致中與菊系動員該選區其他議員強力運作，聯手拉抬賴瑞隆，最後竟然在電話民調中，打敗陳信瑜，跌破眾人眼鏡，黨內人士不禁搖頭直言，陳菊實在太強大了。
熟悉陳菊的人士認為，陳菊等人的思考是，一方面不想因為陳致中而對民進黨總統選情造成傷害，另方面，陳水扁心知肚明，自己的身體狀況無法承受再度回到監獄，而後來爆發的徐佳青發言爭議，更堅定阿扁的想法，自己不想再承受保外就醫遭駁回的變數，最好就是陳致中退選，遠離政治紛爭；再則，若雙陳兩人都退，還可以化解外界不斷強調的「長扁之爭」，不失為一種解決長久以來困擾民進黨的大問題。
然而，基於民進黨總統選舉的最大利益，陳菊或許做出最大的貢獻，擺平了陳致中的問題，但也有不少隱憂，包括失信於林瑩蓉，又狠狠打下陳信瑜，與謝系恩怨再添一樁。
一位高雄在地立委就說，陳菊的用心，毋庸置疑，但這一場戰役付出的代價不小，未來也要看左營楠梓的初選情況，若劉世芳也擊敗林瑩蓉，站在派系角度，新潮流顯然是大勝利，除管碧玲和趙天麟之外，其他7席立委都有菊系色彩。目前看來，謝系的管、趙，扁系加英系的陳其邁，甚至是新系的劉世芳，都有參選市長的可能，但群雄並起的高雄市，3年後的市長人選競爭，恐怕也是菊姊說了算。
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