管中閔說，他知道一般人不會在路上對陌生人說話，這些人卻主動表達支持，讓他非常感動。有一次上了公車，司機開心的廣播：「今天很榮幸載到台大管校長，請大家和我一起鼓掌幫他加油」，全車乘客也真的鼓起掌來。可見公道自在人心，再多的抹黑都蓋不住人民雪亮的眼睛。
有一天系辦助教告訴管中閔，接到自稱台北地檢署檢察官的電話，說下星期要約談他，囑管回電。系辦助教第2天驚惶的來說，那位檢察官又打電話來，質問他為什麼不回電。當時的系主任知道後極為火大，對方再來電話時他接過電話，反問對方身份，並說：「我們不知道你是誰，怎麼知道是不是詐騙電話？若要約談，請發傳票過來（他們曾主任真的很猛）」。但那位檢察官堅持不透露姓名，也不願發傳票，只說人來後會補發傳票。約談的事在媒體曝光後，地檢署立刻對外否認；這件事若非地檢署首鼠兩端，可能真是詐騙電話了。
司法追殺蓄勢待發 好友號召組律師團助管中閔
管中閔知道司法力量已經蓄勢待發，他和太太的心情非常沉重，甚至感到恐懼，認為這群人什麼手段都使得出來。一天晚上，以前行政院的同事蔡玉玲打電話來，他告訴她地檢署約談的事。她晚餐後立刻和她先生（兩位都是知名律師）趕來他家，問過情況後，蔡玉玲說：「大學自治的事，竟然動用司法，這已不是個人問題，而與社會公義相關了。」她表示將號召成立律師團，協助管應付可能的司法追殺；知道自己不是孤立無援，管中閔與太太的心才稍微安定下來。
司法之外，行政院也開始磨刀霍霍。當時行政院發言人徐國勇幾次在院會後的記者會中，指控他「違法」事證明確。管中閔不知道從何時起，行政院發言人也兼司法審判，而且可以利用院會後的記者會肆意含血噴人。隨後的「跨部會諮詢小組會議」，更是揮向他頭上的一柄大刀。
跨部會議「圍毆」大學校長當選人 空前絕後
第一次的跨部會會議在4月10日，主席是教育部部長潘文忠，參與單位和人員「漪歟盛哉」（浩瀚繁盛、多麼隆重的意思），包括：法務部（政次蔡碧仲），陸委會（副主委邱垂正），人事總處（副人事長蘇俊榮），內政部移民署，教育部法制處和人事處，以及他曾任職的中研院，台大，經建會（國發會）等，另有三名所謂的「學者專家」（吳茂昆，周志宏，賴鼎銘，其中兩位還擔任過大學校長）。用這麼龐大的陣仗「圍毆」一名大學校長當選人，既是空前，應該也是絕後的奇觀。
管中閔說，此次會議記錄雖被列為密件，卻很快在媒體圈傳開。從會議記錄和後來的媒體報導中可看到，蔡碧仲在會中發言非常強勢，邱垂正和「學者專家」則紛紛唱和，想方設法的替他按上罪名。
管中閔任職中研院是在1999–2009 年，這表示這群人將蒐證範圍擴大至過去20年。他看到這份記錄時極為憤慨，他是犯了什麼大罪，需要這樣上窮碧落下黃泉的查找證據？即使這麼大費周章，會議中各單位據實以告，都說他一切合乎規定。這個會議最終一無所獲，只能草草收兵。
會議後幾天，教育部長潘文忠突於4月14日宣佈辭職。潘文忠的辭職聲明寫得含糊不清，多數人都看不懂真正原因。管中閔猜想他當時內外交逼，既無法痛下殺手，也不敢放手讓遴選過關，只好一走了之。因為潘文忠的辭職，這波全線攻勢為之頓挫。
