依照藍白共提的再修正動議，調查委員會及專案小組應在立法院會期中成立，但行使調查權及調閱權時限不在此限，並應在調查或調閱終結後30天內，向院會或委員會提出報告書及處理意見，而在報告書提出前，院會或委員會不得就特定議案作最後決議，但若已逾院會或委員會議決時限就不在此限；而報告書及處理意見未提出前，委員會或專案小組所有相關人員都有保密義務，不得揭露內容或處理情形，涉及外交或國防等法定應秘密事項，則以秘密會議處理。
藍白共提的再修正動議擬定，調查委員會成員由各黨團依席次比例推派，並得視實際情況改派，調查專案小組成員則由各委員會推派，均應設置召集委員1人，由所屬成員互選；而調查權範圍涵括政府機關、部隊、法人、團體或社會有關人士，需在5天內提供相關資料，若資料已經司法或監察機關先調取，應敘明理由並提供複本，行使調查權時也得詢問相關人員並命其出席證言，但應在5天前通知，被調閱的文件則應派專人送達立法院，由立法院專人保管。
據藍白共提的再修正動議，調查委員會或專案小組若要進行詢問，需有3分之1以上委員出席，詢問須出以懇切態度，不得有強暴、脅迫或強迫證人為不利己的供述，詢問前應令接受調查者宣誓並告知其有拒絕證言的權利，而接受調查者若認為委員會或專案小組逾越職權範圍，或侵害法定個人隱私等應陳明理由，經會議主席裁示後得拒絕證言或交付資料。
有關聽證會，藍白共提的再修正動議擬定，可為調查委員會或專案小組交付議案、補選副總統、彈劾正副總統，或審查行使同意權案舉行聽證會，若涉秘密事項以秘密會議進行，而若不涉個人隱私、身體或其他自由、營業秘密等，聽證會應公開舉行，並得邀請政府或社會有關人員出席表達意見與證言，應邀人員非有正當理由不得拒絕出席，聽證會報告則應在會議終結後15日內提出。
藐視國會官員有刑責、民間人士只課以罰鍰
朝野在聽證調查權的最大癥結點，為立法院能否對不配合者開罰，儘管綠委多次表達反對，但依藍白共提的再修正動議，行使調查權時，政府機關或公務人員或拒絕、拖延或隱匿不提供，得經院會決議移送監察院提出糾正、糾舉或彈劾，法人、民團或社會有關人士若拒絕、拖延或隱匿不提供，則得經院會決議處1萬至10萬罰鍰，並得按次處罰至改正；而無正當理有缺席聽證會、拒絕表達意見或提供資料，也得經院會決議開罰1萬至10萬，並得按次處罰至改正，若出席聽證會的有關人士進行虛偽陳述，則得經院會決議開罰2萬至20萬元。
朝野對國會改革的最主要癥結，則是在藐視國會罪及反質詢是否能處以刑責，綠委同樣曾多次表達疑慮並反對，但依照藍白共提的再修正動議，被質詢人若未經同意缺席、答覆超出質詢範圍、拒絕答覆、虛偽陳述或有其他藐視國會行為，經主席制止仍違反者，得由主席或質詢立委提議，並經出席委員5人以上連署或附議，再經院會決議後，可處被質詢人2萬至20萬元罰鍰，及移送彈劾或懲戒，逾期不改正者得按次連署課處罰鍰，且虛偽陳述者將依法追訴刑事責任。
