儘管伊黨和土團黨的民族主義立場看似重疊，但伊黨的宗教色彩使其與土團黨有所區別。特別是在種族衝突、宗教議題或華文教育問題上，民政黨往往無法抵擋伊黨和土團黨的聯合壓力，顯得力不從心。這些分歧使國盟在重大政策議題上的立場不斷加深對立，最終導致內部矛盾加劇。
對於土團黨而言，伊黨的崛起及與前首相馬哈迪的合作構成了嚴重威脅。土團黨由馬哈迪與慕尤丁共同創立，但在喜來登政變後，兩人分道揚鑣，並引發土團黨內的權力鬥爭。隨著2022年全國大選結果出爐，伊黨在議席數量和話語權上迅速擴展，超越了土團黨。
目前，伊黨與馬哈迪合作，委任他為國盟掌控北馬和東海岸四州的「非官方顧問」。這一舉措讓土團黨內部不滿升溫，特別是許多活動中，主辦方更傾向邀請馬哈迪，而非國盟主席慕尤丁。再者，伊黨頻繁與團結政府內的巫統接觸，甚至公開支持登嘉樓州務大臣阿末山蘇里作為慕尤丁的接班人，並將其塑造成國盟的「形象代表」，吸引馬來選民。這些舉動進一步引發土團黨領導層的不安，擔心伊黨試圖將馬哈迪扶植為國盟的實際掌控者，並逐步削弱慕尤丁的影響力，最終取代土團黨成為國盟的領導力量。
除此之外，國盟內部的權力不對稱進一步加劇了各成員黨在分享政治利益及資源時的爭執。伊黨在北馬和東海岸州屬擁有強大的支持基礎和影響力，而土團黨在這些地區的影響力相對薄弱，導致雙方在資源分配、政策制定及候選人提名等問題上難以達成共識。這種不平衡的結構導致內部鬥爭頻繁發生，削弱了國盟的凝聚力，使其在面對外部挑戰時顯得脆弱。
自2022年大選以來，國盟內部的不穩定性不斷增加，特別是部分土團黨國會議員轉而支持團結政府，為了選區發展和資源分配的需求。一些成員出於對失去權力和撥款的恐懼，選擇跳槽或向伊黨靠攏，這進一步削弱了土團黨的影響力。
最終，國盟內的這些內部衝突和矛盾，無論是在吉蘭丹、玻璃市，還是沙巴等州，都在不斷削弱國盟的凝聚力。隨著這些鬥爭的加劇，國盟在未來選舉中的表現可能會進一步下滑，甚至面臨分崩離析的風險。
事實上，這些內部矛盾在最近的吉蘭丹能吉里州議席選舉中得到了充分體現。伊黨（PAS）在吉蘭丹長期掌控州政權，這使得土團黨難以在政策制定和資源分配中獲得對等的話語權。在能吉里補選中，雙方在候選人提名上出現了嚴重分歧，最終決定讓原本屬於伊黨的里茲瓦迪以土團黨的代表身份參選。這一決策激怒了土團黨吉蘭丹分部的部分成員，導致部分人退黨，進一步削弱了土團黨的地區網絡。選民對伊黨的執政表現感到不滿，加上對手採取的「在地化」競選策略，最終導致國盟在這場補選中慘敗，失去了這個曾被視為國盟「堡壘州」的議席。
