柯建銘也說，「912事件，對轉型正義，深化民主之傷害、衝擊，身為主委的他感觸之深，責無旁貸。尤其對國民黨長期以來威權時期的加害者，從228事件、白色恐怖數萬台灣人，遭判刑、槍斃、入監、酷刑、家破人亡、慘絕人寰、真相不明，卻污名化促轉會為東廠，更對其做不堪的人身攻擊，故選擇在第一波有罪判刑撤銷之際，自認階段性任務完成，去職讓促轉會浴火重生，是種選擇與決定，我知其心情是平靜、無悔，對一個長期專研努力，台灣民主的轉型正義的黃主委，當然除承擔、放下，更有續進、努力之勢，黃主委，是我相信的。」
柯建銘也認為「從912事件到黃主委請職，轉型正義正進入另一階段，在此同時我們必須檢討之餘，更應謹慎、認真的走下去，台灣不可能走回頭路，落實自由民主的憲政秩序，有真相才有和解，歷史可以原諒，但不可以忘記。」「全世界民主國家最後從事轉型正義的台灣，請問有數萬名『被害者』，卻不見『加害者』這是台灣價值嗎？歷史是會拷問的，轉型正義是不分族群、黨派、藍綠，是近代台灣人走出悲傷，迎向歷史新頁的機會之窗。」
由於柯建銘在外租用的國會辦公室，就在過去保安司令部軍法處看守所舊址，柯文末也以「在不義遺址從事轉型正義的老柯」落款，但也期盼「縱有風雨，終必見晴」台灣是幸！天佑台灣！
