農委會制定《農田水利法》草案，要將全國各地的農田水利會併入農委會，對此，農田水利法草案專案研究顧問團代表人陳昭南直言「這到底是誰出的餿主意？」指出條文內容引發爭議，痛批政府作法違憲、開民主倒車。
目前全國農田水利會10個會長已連署陳情，期盼修法能保障水利會員工及農民權益。陳昭南表示，針對農委會公告《農田水利法》草案條文内容提出強烈質疑，認為農委會已清楚凸顯多項爭議 ，如「改制為公務機關已違憲」、「農業用水的水權被出賣」、「農田水利事業區域外的灌溉設備所有權歸屬」等問題。
行政院長賴清德去年接受媒體採訪，表示《農田水利會組織通則》攸關國家水資源利用效率，提升與全國農田灌溉建設永續發展，強調農田水利會改制為政府公務機關，將提供農民更好的服務。對此，陳昭南認為，這說法「徹頭徹尾就是個大謊言」，認為賴清德硬要將台灣農業推落到「萬劫不復之境」，不禁反問，《農田水利會組織通則》的改制真的是一場有利於農民的「改革」嗎？抑或是嚴重違背憲法精神，大開民主倒車的法規修改？
「將農民財產收歸國有 政府成水權唯一主人」
陳昭南表示，根據政府目前公布的修法內容，農委會提案，將原本屬於「公法人」位階的水利會改制為「公務機關」，收歸農委會所有。政府一方面將農田水利會公法人的資格取消，改制為公務機關，強制將原本屬於農民的財產收歸國有；另一方面告訴農民，修法會使「農田水利會」升格，且提供農民更好的服務，「根本就是顛倒是非、胡言亂語」。
農委會針對此「升格」案，宣稱會「會捍衛農民水權」。陳昭南認為，改制後無論是「灌溉區域範圍」、「灌溉制度」、「灌溉計畫」，農民都不再具有發言權，政府成了水權「唯一」的主人。原本由全體農民會員共同持有的「水權」，卻在草案中被巧妙地一筆勾銷。
陳昭南說明，農委會以「擴大灌溉服務區域」為主張農田水利會改制的理由，但草案中看不出「擴大」的方案。他指出根本的問題在於，這些「農田水利事業區域外」的灌溉設備，是否包含《農田水利法草案》所定義的「農田水利設施」？是否受到《農田水利法草案》對水污染防治機制的保護？農委會身為主管機關，是否在這些受補助的灌溉工程完工後，負起管理維護，服務農民的責任？
陳昭南表示，這些最基礎、根本的問題，草案全避之不談。政府專橫地將農田水利會併入到農委會，成為「官治下唯命是從」的官僚機構。被劃為「區域外」的問題，一概丟給地方政府自生自滅。認為政府意在對農民財產的巧取豪奪，直言「180萬名水利會會員的農民能不怒氣衝天嗎？」
