時代力量與民進黨的區域立委整合問題尚未解決，但新竹市立委參選人已經彼此槓上，時代力量參選人邱顯智日前在政見發表會及募款餐會宣告要「廢除黨團協商」、「告別王柯體制」，因此與民進黨立委柯建銘隔空駁火，柯建銘除了回擊「廢除協商將造成一切法案依馬意通過」，也獲得黨主席蔡英文和前總統李登輝的背書肯定。
邱顯智20日再與柯辦主任何佩珊分別投書媒體，再度針對立法院的朝野協商及當年《會計法》修法展開辯論。
邱顯智：「少數黨保護」機制可能被國民黨反將一軍
針對柯建銘所說，若沒有立法院「遊戲規則」，少數的民進黨只能在每次表決落敗，馬英九的所有政策都會通過，邱顯智在《自由時報》的投書拿出2013年立院通過《會計法》修正案讓顏清標喝花酒除罪化，反問柯建銘「會計法那次修法的遊戲規則又是什麼？」
邱顯智也批評，現在黨團協商能拖延某些國民黨一意孤行的法案，是建立在王金平、柯建銘15年來建立的默契，邱質疑這個「少數黨保護」的機制，難道不會被居於少數的國民黨反過來杯葛改革法案嗎？
對於邱顯智參選至今，與時代力量緊咬「朝野協商」批評對手柯建銘一事，柯建銘國會辦公室主任、民進黨政策部副執行長、也曾是學運世代要角的何佩珊20日下午在《蘋果日報》網站為文「廢除朝野協商正是重蹈馬總統的法匠邏輯⋯」回應。
何佩珊：若貫徹「委員會中心主義」將為國民黨所控制
何佩珊在文中直指，最痛恨朝野協商的就是發動九月政爭的馬總統，因為國民黨是國會多數，奉行「贏者全拿」的馬英九又動用黨紀，但正因為有朝野協商制度，擋下核四公投與服貿，才讓馬英九在立法院一再受挫。何語重心長表示，很遺憾時代力量成員竟與馬總統如出一轍。
何佩珊指出，就是因為2013年6月25日柯建銘主導的朝野協商，作成「服貿應逐條審查表決，非經實質審查不得生效」的決議，才有效拖延服貿到2014年3月才審查，也逼得國民黨爆發「半分忠」事件，引發318學運，連國民黨前黨鞭林鴻池都說被這個決議綁死。
至於邱顯智競選重要幕僚陳為廷、魏揚和時代力量成員曾參與過的318學運，何佩珊也回憶道，當時是柯建銘向王金平建言「朝野和解」，才有王金平「監督條例未立法，服貿不協商」的宣告，順利讓學運有了退場機制。
有關為外界詬病的《會計法》修法，被邱顯智批評是在朝野協商時推翻委員會初審結果，何佩珊也還原當時狀況。她指出，當時《會計法》修正草案在財政委員會已審查通過，有爭議的條文保留進入協商，何來推翻委員會審查？且當時黨團內部認為會計法爭議是歷史共業，又為了挽救包括柯文哲在內的7百多位學者，在國民黨要求必須與民代除罪化一致處理的情況下才不得不簽署，事後因「一字之差」造成的爭議，柯建銘也已道歉並一肩扛責。
何佩珊最後指出，目前由於選制缺陷且民進黨作為國會少數，若貫徹邱文中所提的「委員會中心主義」將為國民黨所控制，未來若民進黨能過半，必須增加不分區立委席次並貫徹召委資深化，並減少藍綠對決、避免總統兼任黨魁，才能再度啟動國會改革。
