為了解決難民問題的歐盟高峰會15日並未達成共識，但湧入歐陸的難民潮卻沒有片刻停止。同日更傳出一名來自阿富汗的難民在試圖進入保加利亞國境時，遭到邊界警察射殺。不過保加利亞當局表示，開槍的警察只是想要警告難民，但不幸被一發跳彈擊中身亡。匈牙利16日則決定關閉與克羅埃西亞的邊界，不再讓難民繼續進入匈牙利。
法新社報導，在一批大約1500人的難民搭乘火車從克羅埃西亞入境之後，匈牙利的軍警在16日凌晨1時隨即關閉邊界，兩國邊境已經完全以鐵絲網牆加以隔離。15日舉行的歐盟高峰會原本想就邊境共同協防找出解決之道，但最後宣布破局。匈牙利16日隨即召開國家安全會議，並在會後宣布關閉與克羅埃西亞之間的邊界，以防大批難民繼續湧入。
匈牙利上個月也曾因難民大量湧入，關閉與塞爾維亞的邊境，其後匈牙利與克羅埃西亞的邊界就成為難民潮的主要通道。不過在最後一批入境的難民抵達車站後，匈牙利的士兵便大喊「關閉邊界」。疲憊的流離人群中不乏坐在輪椅上的老婦與嬰兒車裡的幼童。但匈牙利政府的發言人柯瓦克（Zoltan Kovacs ）對法新社表示，雖然邊界對經濟移民關閉，但持合法文件者還是可以從波瑞曼德（Beremend）與勒坦耶（Letenje）這兩個邊境檢查站入境並尋求庇護。
匈牙利關閉邊界後，克羅埃西亞則開始把移民轉送到斯洛維尼亞。斯洛維尼亞方面雖然對此表示憂心，但該國官員也表示，只要德國和奧地利繼續接收這些人，那麼斯洛維尼亞就會繼續允許他們過境、不會加以阻攔。
就在匈牙利宣布關閉邊界的前一天，保加利亞則發生了邊境警察射殺阿富汗難民的憾事。
《南德日報》報導，大約50名來自阿富汗的難民，16日試圖從土耳其進入保加利亞。當時保加利亞的邊界警察正試圖驅趕，但一位難民卻不幸中槍身亡。據保加利亞方面的說法，開槍的警察只是想要警告這群年約20多歲的違法入境者，但是一發跳彈不幸擊中其中一位的頸部，稍後這名傷者便傷重不治。保加利亞的檢察官已經開始調查，不過《南德日報》也強調，這是這一波歐洲難民潮中首位遭到軍警射殺的難民。
