針對兩岸議題，民進黨總統候選人蔡英文於首場電視政見會，也不斷開火質疑國民黨總統候選人朱立倫，對朱質疑其草擬「兩國論」，蔡英文則強調「兩國論」當時時是國民黨總統所提，所有當年國民黨從政人員都同意，「朱主席那個時候是立法委員，同時簽署了，也去贊成了兩國論。」她要反問朱：「現在的中國國民黨的主席，你打算要怎麼樣回答這個問題？」
民進黨新聞部主任黃重彥25日晚也在臉書貼出立院國會圖書館存檔的自由時報1999年7月24 日，標題為「跨黨派立委今聲明肯定兩國論」剪報，報導提及，朱立倫當年和賴清德、陳鴻基、李文忠等時任立委同開記者會，肯定李前總統提出的「兩國論」，證明朱立倫當年也認同「兩國論」。
「兩國論」是吧！？＃這則新聞裡面那位立法委員朱立倫不知道是不是電視上這個#破解立法院剪報系統有罪嗎#要做聲紋鑑定嗎#小政客ㄧ個
由黃重諺貼上了 2015年12月25日
蔡強調，現在政府所做的、所看到的兩岸交流，其實很多都是從民進黨從2000~2008年這段時間去把它累積出來、做出來的事情。而在2004年，她從陸委會主委卸任後，中國時報做了民調，她那時的民調滿意度是將近59~60%，是所有內閣閣員裡面前一兩名。「我想請問朱主席，現在的國民黨的內閣裡面，有哪一個首長有這麼高的滿意度？那表示說，在那個時期，其實人民對陸委會的表現是肯定的。」
對朱稱綠營質疑其「同屬一中」說是扭曲，蔡則問，「洪秀柱副院長也說過你去拜訪了他，你也同意了他的講法，叫做一中同表的這個講法，這個你也從來沒有否認過。所以，我也想請朱主席是不是利用這個機會，可以把他說明一下。」
蔡也說，「朱主席也好，國民黨也好，你看的是中國大陸，希望跟中國大陸保持好的關係時，也回頭看看，台灣人民對兩岸的期待在哪裡，台灣人是擔心，擔心我們的產業是不是會因為中國的企業挾著國家的資金進入台灣，去打破台灣整體產業的結構，台灣人自主地產業結構受到侵蝕，或是將來要接軌全球的困難，這些我都要請朱主席好好想一想。」
蔡也替民進黨執政時兩岸關係辯護，她除強調朱所提台紐、台新的自由貿易協定，事實上都是在民進黨開始，就已經開始在談，且在民進黨執政的時候，打通小三通、包機直航、規劃的大陸觀光客開始，大幅修改兩岸關係條例，把國民黨執政的時代，全面禁止兩岸交流的這個法規結構，改變成符合WTO要求的這種交流的經貿的法規結構。「這些都是民進黨打下來的基礎，在國民黨執政的時候初期，2008年執政初期的時候，不僅是當時海基會董事長江丙坤先生，那時的馬總統都公開的去肯定民進黨執政時期打下來的基礎。」
