為了反對林佳龍參選合併後的大台中市長，新潮流2010年和蘇嘉全結盟，全力支持空降台中參選的蘇嘉全，蘇嘉全和新潮流曾有親密關係，但從 2012年開始，新潮流系內部因不贊成讓蘇嘉全任副手，雙方關係開始出現摩擦。
前年九合一大選，新系潘孟安聲望極高，但蘇嘉全的侄孫蘇震清堅持要和潘孟安初選；台中市長選戰，新系期盼蘇嘉全再戰，但蘇放棄，迫使羽翼仍未豐的蔡其昌提早上場應戰林佳龍，結局當然落敗；前年蔡英文回鍋黨中央，蘇嘉全又堅持要參選中常委，最後搞到和新潮流兩位女將透過抽籤才決定出線人選；加上蘇嘉全任選對會主委，因為多個立委選區因素，新系內和蘇嘉全早積累不小嫌隙，當年新系和蘇嘉全曾有的夥伴關係，早已灰飛煙滅。
蔡英文表態「黨團自主」 柯建銘衝了
最資深的立委柯建銘因為有新潮流的力挺，加上本就掌握的遊系、蘇系，及其他派系和散兵游勇，原本就是黨團內最有實力者，但柯建銘開始有自信的關鍵是因為《壹週刊》在1月18日的專訪，蔡英文對敏感的立院龍頭戰暢談「黨團自主」，隔沒幾天，蔡英文在《自由時報》受訪，又重申相關原則。因為蔡英文不斷替如何處理這項人事案定調，讓柯建銘覺得，蔡英文似乎並不排斥由他擔任立法院長。
雖然蔡兩次重申「黨團自主」，但聲稱要尊重蔡英文布局想法的柯建銘一直希望有更清楚的意象，據透露，約一周前，蔡英文曾和相關人等碰面討論，蔡英文當時的反應頗正面，除強力澄清，安排蘇嘉全為不分區立委便是內定為未來立法院長的說法，也坦言同以「英文系」自居的陳明文，並不適合立法院長，不會有機會。
蔡英文還說明，時代力量及海外獨派對柯建銘有意見，盼柯建銘再努力，蔡英文也會協助，但至於確定人選為何？待下周（本周）再議。
蔡英文方面的訊息，讓柯建銘陣營頗振奮，因此，柯建銘除了透過管道和時代力量黃國昌、洪慈庸等溝通，也連續安排知名公民記者李惠仁、《壹週刊》及《新新聞》的專訪，拋出公民記者採訪權、禮遇王金平等議題。然而，在蔡英文釋出善意的同時，蔡英文陣營內反柯建銘的操作，也開始進行。
邱義仁出面 勸說柯建銘續任總召
據指出，在柯建銘、蔡英文接觸前後，已退出蔡英文陣營多個工作群組的前秘書長邱義仁曾兩度和柯建銘碰面，第一次是柯建銘主動出面，第二次柯則是被動；言談中，邱義仁以蔡英文宣示「議長中立化」，未來黨團總召才有實權，因此總召比院長更好，藉此對柯建銘續任總召提出分析和勸說。
邱義仁的說法，自然會被柯建銘陣營解讀為代表蔡英文，但柯建銘僅表達，如有這項規劃，還請蔡英文親自和他說明，他也會再想想。
