台北憲兵隊調查行動涉及違法濫權，行政院長張善政7日中午親上火線舉行記者會，批評國防部決策失當，政戰局與憲兵指揮部等調查不妥。為了讓調查順利進行，國防部應該將政戰局與指揮部相關知情主管調離現職，靜候調查。行政院發言人孫立群強調，張善政已和總統會面討論，取得共識後才發表言論。
張揆指出，首先，這起案件從政戰局決定進行調查的決策方，到執行階段的憲指部，為了讓未來調查順利，應把相關主管暫時調離現職，靜候調查。至於調離的層級，由國防部調查，政戰局和憲兵指揮部「知情的最高主管」應該調離現職。
第二點，這起案子目前由檢察官剪報分案調查，行政院不去干涉調查內容與過程，但希望檢察官能用最快速度釐清事實。了解到外界關切，希望檢方在不影響調查過程的前提下，用最大開放度，把案情內容適時對外界說明。
第三點，這些文件是50年前的文件，在20、30年前應該銷毀，但沒銷毀流落到民間，現在去針對流落在外的文件，進行洩漏機密的調查，到底是否合適，「妥適性有待商榷」。
第四點，案件對象涉及民間，是否適合由憲兵進行，這部分有問題，比較理想做法應該是透過檢察官體系，由檢察官依法發搜索令，再由警調去做，而不是由憲兵去做。「假使這件事情真的該做，應該是這樣做」。
張揆表示，雖然國防部說當事人有同意搜索，但一般民眾對於公權力總是有些敬畏，比較好的做法還是應該拿到搜索票。透過憲兵去向民間索取資料，「這個做法相當不妥」。
