1998年-2001年這段時期，李老每來深圳、廣東，必相約見面，因此那段時期與李老至少有過五、六次長談。據他本人親口說，對中共的懷疑與認識，其實始于延安時期。在那種政治暗黑時期，這種不能說出口的懷疑，就只能表現為對常識的堅持。我認為這是李老終生堅守良知與人性的根抵。毛澤東統治中國的所謂前三十年，中國政治運動不斷：土改、鎮反、反右、大躍進、文革是各種運動中規模最大者，中國人無不曆其劫。在李老八十高夀時，他的老友、鄉賢朱正先生贈他一副對聯：廬山霧瘴巫山雨，吏部文章水部詩，觀者無不稱絕，十四個字寫了他一生三件大事：
「水部詩」之謂，指李銳在水利部反對建三峽工程及其終生對此的堅持。1958年初的南寧會議，李銳與三峽贊成派水利學者林一山在毛澤東面前進行了一場「御前辯論」，陳述三峽工程利弊，還各寫了一篇文章呈交。出於李銳意料之外的是，毛澤東不但採納了他的意見擱置了三峽工程，還讓他獲得了毛的賞識和重用。散會之前，毛對李銳說：「你文章寫得好，你當我的秘書。」這就是李銳擔任毛澤東兼職工業秘書的由來。其時，毛正主張大修水利，大躍進（1957年11月13日，《人民日報》發表社論，正式提出「大躍進」口號）。李銳在此時上書陳說三峽工程之害，是需要冒政治風險的。論及此事時，李老認為毛當時還能聽進一點不同意見。1980年代之後，李老一直力反修建三峽工程，這就是「巫山雨」三字所指。
「廬山霧瘴」，是指 1959年的「廬山會議」以及李銳此後的遭遇。會議召開之時，毛發動的「大躍進」陷入失敗，全國各地發生饑荒，餓死了不少人。毛召開此會，李銳以毛秘書身份隨行，親眼目睹了毛澤東在會議上一手遮天、翻雲覆雨，將對大躍進持批評意見的彭德懷等人打成「反黨集團」這一過程。會議期間，田家英、李銳、周小舟這三位毛的秘書在某天傍晚散步時，對毛頗有微詞，結果被檢舉揭發，李銳被定為「彭德懷反黨集團成員」，戴上「右傾機會主義分子」的帽子，撤銷一切職務，1960年3月被開除黨籍，5月和右派份子們一道下放北大荒勞動。1967年11月11日被關押在秦城監獄，直至1975年5月30日釋放。
這段經歷成就了李老的兩本書：一本是《廬山會議紀實》。在廬山會議期間，他將與會者的言行如實記錄。這本筆記本當然會成為抄沒之物，文革後李老千方百計找回，他根據此筆記本，再加上與會眾人的回憶，寫成《廬山會議紀實》一書，中共中央政要的嘴臉都躍然紙上，此書成為研究中共廬山會議的經典。另一本則是《龍膽紫集》。關押在秦城監獄時，沒有紙筆，李銳只好用棉簽蘸著龍膽紫藥水，把他數年來的「鐵窗詩作」，寫在兩本《馬列選集》的空白處。1975年5月李銳出獄時，獄中詩詞積有四、五百首，這本用紫藥水和木棉簽作「奇毫怪墨」寫成的詩詞集，就名之為《龍膽紫集》。
