這表示即使你試著在週末「補足」睡眠，免疫系統仍然無法完全由週間早起晚睡造成的過度刺激中恢復。如果你依照這種週間睡眠不足，週末狂睡的模式，你就是冒著對免疫系統累積破壞、造成大混亂的風險。你有能力由一段時間的睡眠不足中恢復，但那需要堅持、貫徹和有擔當──即使在週間也是一樣。
睡眠的剝奪也和受感染的敏感性增加有關聯，你睡眠的時間愈少，被一般感冒傳染的機會也會愈高。獲得足夠的睡眠也能保護你免受感染的侵襲，甚至有一項研究顯示在哺乳動物中，睡眠時間持續愈久，寄生蟲感染的發生率愈低。
睡眠不足對飢餓激素和代謝也影響深遠（胰島素、瘦體素、飢餓肽和皮質醇等飢餓激素都是免疫系統中重要的調節物）。舉例來說，當測量睡眠剝奪後（連續五天每天只睡四小時）的進食量時，受測者的食量較之正常食量有顯著的增加（增加了二十％）。然而胰島素、皮質醇和瘦體素的巨大改變不需要整整五天睡眠不足才看得到，一項研究顯示，即使只有一個晚上的不完全睡眠（四小時）就會在健康人身上引起胰島素抗性。
另一項研究則顯示單一個晚上的不完全睡眠（在這個研究中是三小時）會導致晨間皮質醇濃度較低（本該是皮質醇濃度最高峰的時間），正午和晚間皮質醇濃度則變得較高（本該減少），以及晨間瘦體素濃度較高的狀況。這代表一晚三至四小時的睡眠時間會導致胰島素抗性、皮質醇失調以及瘦體素的增加，這只是你為了看一部晚場電影或參加一場在老闆家舉行的宴會而熬夜一個晚上的代價，僅僅一晚。
睡眠不足也已被探討是否是自體免疫疾病的可能成因之一。在一項牛皮癬的動物實驗中發現，睡眠的剝奪會使促炎性細胞激素、皮質醇濃度以及皮膚中與牛皮癬症狀相關（例如乾燥、起皮屑、皮膚鱗片狀剝落）的特定蛋白質出現明顯的增加。處於睡眠被剝奪狀態下的小鼠發生多發性硬化症的時機比被容許有正常睡眠的小鼠要早，而一旦這些小鼠發展出疾病，睡眠的剝奪會加快疾病的進程和小鼠所感受到的疼痛程度。
此外，受慢性發炎狀態（例如類風溼性關節炎、系統性紅斑狼瘡、發炎性腸道疾病以及哮喘）所苦的人經常表示有睡眠受到干擾的問題──在部分病例中，睡眠的干擾是來自疼痛或不適，而在另一些例子中，睡眠干擾來自被擾亂的生理時鐘或同時發生上述兩種情況。究竟是睡眠受干擾導致疾病或是反過來的狀況尚未了解透澈（而且可能因不同疾病而有所不同），但已知睡眠干擾會加重疾病的進程、使像是疼痛和疲倦等的症狀惡化還會降低生活品質。沒錯，睡眠是很重要的。
