繼14日晚間的地震後，日本熊本縣16日凌晨1時25分（台灣時間約凌晨12時25分）再次發生芮氏規模7.3的大地震，且至今餘震不斷，受困件數達53起、活埋23起，最少28人罹難、近千人受傷，且有許多民眾至今下落不明。日本氣象廳預測16日晚間起九州將有豪雨，相關地區需嚴防土石流。
未來一周恐餘震不斷
位於日本九州的熊本縣、本州的大分縣16日凌晨1時25分（台灣時間約凌晨12時25分）又發生芮氏規模7.3的大地震，震源為熊本縣熊本地方，而後截止上午10時（台灣時間約上午9時）為止，相關地區陸續有震度3級以上的餘震，總計高達66次。
日本氣象廳指出，就芮氏規模變高來看，14日晚間發生的地震僅是「前震」，這起於凌晨發生的地震才是「主震」。該廳地震海嘯監視課長青木元呼籲：「（16日凌晨）的地震搖晃程度比14日大很多，民眾應遠離晃動激烈的地區，確保自己的安全。今後一周內會陸續有許多餘震，最大震度有可能會達到6級，請民眾務必要注意。」
阿蘇山發生小規模噴發
日本氣象廳16日上午約8時30分（台灣時間約上午7時30分）公布，熊本縣阿蘇山中岳第一火山口發生小規模噴發，濃煙達100公尺，這是阿蘇山時隔1個月再次噴發，規模與前次相比不大，目前已確認與地震無關。該隨後將火山警戒層級調至第二級（火山口周邊警戒），火山口周圍1公里內禁止進入。
熊本機場全面停飛
受地震影響，熊本機場大樓天花板墜落，16日班機全面取消，目前仍未修復，總計有74班航機受到影響。日本國土交通省稱，受餘震影響，南阿蘇村的國道57號發生土石坍方，JR豐肥線列車連帶受到影響，於赤水站（位於熊本縣阿蘇市）出軌，所幸無人受傷；高速公路也陸續傳出土石流災情。
《每日新聞》稱，截至16日上午11時（台灣時間約10時），熊本縣再傳出19人死亡，總計已有28人罹難，實際死亡人數仍在評估；避難民眾急增7262人，總計達至68911人。
政府緊急擴大支援
日本官房長官菅義偉16日清晨召開記者會，表示目前各地陸續傳出火災，受困件數達53起、活埋件數則達23起，死亡人數仍在成長，故還無法確定準確數字，周遭核電廠未受到影響。日相安倍晉三原預定16日前往熊本縣視察災情，但因餘震不斷故取消。
此外，菅義偉預計於16日將自衛隊支援人數從原本的2000人，一舉增至15000人，並於17日擴大至20000人；警方從1800人增至2800人、消防人員1337人增至2675人，災害派遣醫療小隊目前已有42組，預計再從各地調遣更多醫護人員支援災區。
16日晚恐降豪雨
日本氣象廳預測，受低氣壓及九州位於日本前線影響，九州恐於16日晚間至17日下起豪雨，最大時雨量恐超過50公釐；九州北部、南部地區17日上午恐達150公釐，災區需嚴防土石流。
