日本熊本縣持續3日的大地震，已造成當地古蹟文物的浩劫也遭受巨大損失。位於熊本縣阿蘇市的「阿蘇神社」，16日淩晨的地震造成被指定為國家級重要文物的「樓門」與拜殿崩塌。神社內另一國家級重要文物「一之神殿」也有部分受損。
阿蘇神社號稱擁有2500餘年歷史，供奉以阿蘇開拓史祖健磐龍命（神武天皇之孫）為首的12尊主神（阿蘇十二神），日本全國450座阿蘇神社之總本社。其樓門與茨城鹿島神宮、福岡筥崎宮的樓門並稱「日本三大樓門」。
阿蘇神社是著名觀光景點之一。居民們以神社為舞台，點燃綁在繩頭上的松枝揮舞畫圈、祈禱五穀豐登的「御田祭」、「田實祭」等一系列農耕祭祀活動相當有名，在1982年（昭和57年）被指定為國家重要的無形民俗文化財產展。
阿蘇神社之外，位於熊本市中央區的「熊本城」也難逃一劫，石牆在14日地震中坍塌。熊本城別稱「銀杏城」，與名古屋城、大阪城、並稱「日本三大名城」。熊本城前身是室町時代（1336年─1573年）的隈本城，安土桃山時代（1573年─1603年）豐臣政權入主肥後國後，成為當地藩主的官邸，面積廣達98萬平方公尺。
位於熊本縣山都町、被譽為日本最大規模石拱水路橋的通潤橋也有受損。通潤橋橫跨轟川，是一座單一拱橋，建於日本孝明天皇嘉永7年（1854年），長75.6公尺、高20公尺。作為日本江戶時期所建造的石橋，通潤橋的拱門直徑和高度是日本國內最大。
位於熊本市中央區、被視為日本紅十字會發祥地的「洋館」，也在16日淩晨的地震中全部被毀。熊本市當局表示，洋館已經難以修復，負責人也說：「珍貴文物不復存在，非常遺憾。」
