針對國民黨批評，準駐日代表、前行政院長謝長廷6日發出新聞稿強調，所謂「軍艦護漁就是對美國宣戰」，完全是斷章取義，但他也重申，軍艦第一缐護漁不妥。基於對等原則，日本派出海上保安廳的公務船執行驅除任務，我方也只要派出海巡署的艦艇執行護漁任務即可。
謝長廷表示，核對這兩天所有談話，並無「軍艦護漁就是對美國宣戰」文句，反而是以「不會啦」來否定台日發生戰爭的可能性。對於談話遭到扭曲，深表遺憾。且世界各國設立海巡或海上保安警察的目的就是為了避免使用軍隊。而國民黨所言的「軍事外交」，就是他所說的政治人物算計複雜，執行士兵不一定了解，擦槍走火風險大，後果犧牲的還是漁民和士兵，不是政治人物。
謝長廷也說，這兩日針對沖之鳥海域爭執，他談話的重點如下，一、漁民是弱勢族群，保護漁民是政府職責，哪一黨執政都是一樣。二、護漁行動是短期間表示決心，長久之計仍是要透過協商才能解決。三、可以用協商解決的，就不必用武力，希望和平護漁，協議解決，否則事情更複雜，解決更困難。四、軍艦第一缐護漁不妥。基於對等原則，日本派出海上保安廳的公務船執行驅除任務，我方也只要派出海巡署的艦艇執行護漁任務即可。因為動用軍艦有不惜打仗的意涵，政治人物也許知道分寸，但基層執行並不一定完全了解，一旦擦槍走火，必然造成漁民或士兵傷亡，股市暴跌，社經混亂；而且日本與美國有安保條約，台灣也不可能對日本或美國宣戰，所以不必出動軍艦，以海巡艦保護就可以。
謝長廷認為，朝野兩大政黨的外交策略，揭示的都是「親美友日」，這次事件人和船均已釋放，未來應以協商的方式保護漁民作業的權益，如同船東講的，「協議才能保護漁民」，不宜大動干戈，破壞基本國安策略，製造社會經濟不安。而政治人物有時明知不妥，但擔心被扭曲為不挺漁民而引來抗議，因此仍選擇沉默，不表示立場。但為台灣長遠利益著想，要問以前沒問題為何這次有問題？人船釋放之後反而派船激化局勢，是否符合比例原則？政權輪替在即，這事件的處理、決策有沒有特殊考量和目的？思考後認為軍艦在第一缐護魚有所不妥，就直話直說，如此而已，如果不扭曲斷章，社會應可心平氣和的討論。
