我國漁船「東聖吉16號」在日本沖之鳥礁附近海域遭日方扣押，台日關係瞬間緊張。外交人士透露，事發當天，總統馬英九獲報後要求外交部進行交涉；待看到媒體報導，認為相關部門態度不夠強硬，更責備外交部門未能堅守立場，遂召集國安高層會議發表嚴厲言論，更立即下達派艦護漁指令，沖之鳥事件在一天內升高至國安層次。
知情人士透露，總統當選人蔡英文4月29日聽取外交部業務簡報時，對於沖之鳥爭議急遽升高也感到詫異不解，外交部婉轉說明處置經過，言談中不無委屈之意。蔡英文除當場支持外交部之外，也考量到政府正與日本積極交涉，基於「一致對外」的立場，除表達支持政府護漁立場外，不對府院處置方式有任何發言。
台日有默契 「你來我走」
我國漁船於4月25日在沖之鳥附近海域遭日本扣押，外交官員還原經過，證實台日之間長期以來確實存在「你來我走」的默契，在該海域作業的中、韓等他國漁船，亦依此默契與日方公務船相安無事。
早在4月17日，日方便依此默契知會各方，日本公務船將前往該海域，希望他國漁船暫行「迴避」，我國漁業署也依慣例通知作業船隻，沒想到東聖吉16號因故未能離開，與日船正面遭遇，日方因而採取行動。
日方扣船有前例 我均提文件抗議
官員指出，我國政府一直不承認日本在沖之鳥礁海域主張200海里專屬經濟區，但基於避免漁民遭日方公務船刁難，一向提醒漁民避免前往「爭議海域」，絕非默認日方主張。官員強調，我國漁船曾在2005及2012年在沖之鳥遭日方扣押，均由我駐日代表處正式提出文件抗議，但從未升高成外交衝突。
但官員透露，聖東吉16號遭扣押當天，馬英九看到媒體報導，認為漁業署與外交部的慣例作法形同要求漁民放棄作業海域，接受日方主張，大為震怒，痛責亞東關係協會及外交部；在府院高分貝抗議之下，情勢也快速升高到召見駐台代表的外交摩擦層級。
據透露，由於馬英九對海上權利，尤其是與日本有關的議題格外在意，外交部在此事件中備受責難。蔡英文在29日赴外交部聽取簡報時，好奇此事為何未先行透過外交斡旋解決，外交部官員才「婉轉」告知上述過程，雖未對馬英九指令有微詞，但言詞間頗有委屈之感。
蔡英文挺外交部 但仍一致對外
據透露，蔡英文當場對外交部的辛苦大表肯定，也同意此事應該透過外交管道解決。但雙方在會中同意，正值政府全力對日交涉之中，站在「一致對外」的立場，民進黨支持政府的護漁作為，也不會對外轉述相關過程。
因此事後民進黨發出的新聞稿中，隻字未提沖之鳥爭議，僅藉由「肯亞台嫌遣中案」強調外交部「在這樣的困難之中能有這樣的表現，確實難能可貴」，婉轉傳達蔡英文對外交部在沖之鳥及肯亞案的努力，暗中力挺外交一線人員。
