中研院提出的下屆院長候選人之一、院士廖俊智，13日發出致馬英九總統公開信，強調中研院是全國最高學術機構，合法性不容任何模糊空間，希望馬英九對遴選過程的適法性及有效性做進一步澄清。
總統府發言人陳以信稍後回應表示，總統府回覆中研院的信函為正式公文書，具有法律拘束力，廖俊智的擔心恐怕出於對公務機關體制不甚了解，事實上已是多慮。
廖俊智於台北時間13日自美國洛杉磯發出致馬英九的公開信，信中表示，他在美西時間11日上午接到馬英九親自來電，告知關於中研院長遴選程序的看法。馬英九認為，遴選過程的瑕疵「好像沒這麼嚴重，確實是有瑕疵，但可能沒有達到退回的條件」，因此希望和3名候選人面談。
廖俊智則認為，中研院是全國最高學術機構，合法性不容任何模糊空間，遴選過程的適法性和有效性是選任新院長的重要基礎，中研院長在遴選程序適法有效的前提下任命，才能擁有足夠的合法性，因此他懇請總統對於遴選過程的適法性和有效性做出明確指示。
總統府稍晚則由陳以信出面回應指出，總統府回覆中研院的信函為正式公文書，已認定中研院此次依照相關規定遴選新任院長之過程「於法尚無不合」，此為上級機關對下屬機關中研院的解釋，具有法律拘束力，因此廖俊智是對公務機關不了解而多慮。
陳以信說，總統府秘書長曾永權當然可以充分代表馬英九發言，其發言內容也當然是總統府的正式立場，外界對此從無置疑；而依《總統府組織法》規定，中央研究院隸屬於總統府，因此總統府身為中研院的上級機關，對下屬機關中研院的正式函釋也具有正式公文書的法律效力。
陳以信強調，外界對此次中研院長遴選過程確實有質疑，對此總統府特別召集行政院與中研院人事單位共同研究，確認遴選過程「於法尚無不合」，代表府方認定遴選過程有效，合法性沒有問題；馬英九也才會在5月10日致前院長翁啟惠的信函中，責成中研院儘速安排遴選名單上之候選人來府面會。
至於院長候選人到總統府會面一事，陳以信表示，曾永權已致電中研院代理院長王汎森儘快安排，中研院也表示已向3位候選人寄出邀請函。陳以信強調，馬英九雖然在520前行程滿檔，仍願意儘量挪出時間，配合中研院的會面安排。
