國軍是否支持台獨的話題，又成為新科國防部長馮世寛在立法院被質詢的焦點。馮世寬表示，他個人不會支持台獨，也從沒聽過總統蔡英文講過台灣獨立。至於若新政府支持台獨是否辭職？他說辭職不是重要問題，問題是國軍是不是已經國家化。
國防部長馮世寬23日首次到立法院外交及國防委員會進行業務報告並備詢。由於新政府上台之前，美方便不斷釋出不支持台灣獨立、維持台灣關係法一中政策，反對任何一方改變台海現狀的立場，國民黨立委黃昭順就以蔡英文總統的就職典禮中只看到香蕉沒看到中華民國國旗，詢問馮世寬支持台獨嗎？並問新政府若支持台獨，馮世寬是否辭掉國防部長職務？
馮世寬表示，他不會支持台灣獨立，也從沒聽過蔡主席到蔡總統講過台灣獨立。至於他辭不辭職不是重要問題，問題是國軍是不是已經國家化，這事非常重要，他不戀棧職位。
但隨後民進黨立委管碧玲質詢時，問馮世寬要不要修正自己說法，馮世寬說不需要修正，因為他從沒聽過蔡總統講過台獨。管碧玲說，那是否聽過蔡總統講不支持台獨？馮世寬表示，也沒聽過蔡總統講不支持台獨。
管碧玲追問國軍保衛台獨份子嗎？馮世寬說國軍保衛2300萬人，行政中立化；管碧玲說前行政院長郝柏村曾說他不保衛台獨，馮世寬表示他不是郝柏村。管碧玲追問是否可以說馮世寬個人不支持台獨，馮世寬說可以這麼說。
國民黨立委徐志榮質詢馮世寬，若台灣宣布台獨，兩岸是否會兵戎相見？馮世寬說，中共不會這麼笨用武力侵犯台灣。徐志榮追問，若中共不接受呢？馮世寬說，再不接受，也不一定非用武力不可，只是心理要有應戰準備，這是國防部該做的。
