身為一海洋大國，日本與美國相同，傳統上支持「最大海洋自由」，主張國際習慣法僅授予沿海國領海及緊隣區，且領海僅3海浬。《1958年國際海洋法公約》中，日本僅批准領海、緊隣區及公海公約，未批准《捕魚及養護公海生物資源公約》或《大陸架公約》。1974年聯合國海洋法會議中，日本仍是唯一反對200海浬EEZ的國家。
1977年，日本放棄了上述傳統主張，接受12海浬領海及200海浬EEZ；但仍等到1994年聯合國通過《執行協議》，實質變更《1982年國際海洋法公約》中有關深海海床規範，使《公約》相關規範不再適用後，日本才完全擁抱新公約，於1996年批准加入《1982年國際海洋法公約》，同時通過國內相關立法，公佈其領海直線基線、EEZ及大陸架主張。日本自此改採「擴張性海洋主權主張」，不僅採直線方法劃定其領海基線，使部分基線大幅向外推展；有關EEZ及大陸架的主張擴及於許多有陸地主權爭議的島嶼；也主張沖之鳥是島嶼，擁有一切海域權利。根據統計，日本之EEZ範圍乃全球第七大。
2005年我國漁船在沖之鳥海域遭日方扣押，繳交408萬3000日圓訴訟保證金才獲釋的事件後，民進黨政府與日本達成「日本公務船來，台灣漁船離開；日本公務船離開，台灣漁船返回捕魚」的默契，似可解讀為「日本堅持其EEZ，我堅持我公海捕魚權；雙方各自堅持己方主張，卻又不否定對方主張」的私下折衷辦法。
同樣在2005年，「中西太平洋漁業委員會 」（WCPFC）秘書處提出一背景文件，其中一附件「顯示WCPFC公約海域內各國EEZ海域主張」。此圖乃根據聯合國依各國所提交海域主張所建立的資料庫所繪，並在註腳説明有四個海域涉及爭端。但此四爭端未含日本沖之島EEZ，表示聯合國資料庫建立前，甚至WCPFC製圖前，並無任何國家對日本沖之島EEZ主張提出異議。
但在2006年一個分發此圖的會議中，韓國表示該地圖「未正確顯示會員國的海域疆界，要求委員會不再散發該圖」。我國代表也建議爾後該地圖應加註脚：「個別會員國之EEZ疆界不必然代表真實之劃界」，以避免誤會。
韓國及我國在會議中的反對發言都過於籠統，未明白指陳日本將沖之鳥200海浬劃為EEZ違反《公約》，明白反對其主張，無法在國際法上產生有效的抗議。
但明顯可見，我民進黨政府或基於整體安全戰略考量，採「堅持我國漁船享有捕魚權，但不直接挑戰日本EEZ主張」的政策。一方面與日本達成折衷作業辦法，一方面發言反對卻籠統。2016年重新執政，仍持續該政策，宣布將組台日「海洋事務合作對話機制」，解決漁權爭議。
