台北市政府對大巨蛋祭出停工處分，遠雄巨蛋提行政訴訟，要求撤銷處分，經上訴，最高行政法院4月30日認定北市府處分停工，並無違誤，改判遠雄巨蛋敗訴定讞。
台北市政府於2015年5月20日勒令大巨蛋停工，遠雄巨蛋公司除了向台北高等行政法院提告撤銷停工處分，也於2016年6月6日，以豪雨、颱風影響工地安全為由，在市府下「最後通牒」要求改善前遞狀，向法院聲請停止執行停工處分。
在「停止執行停工處分」部分，台北高等行政法院2016年7月裁定，大巨蛋停工導致水浮力、鏽蝕與坍塌等問題，將威脅周遭與民眾安全，為維護安全跟防範危險，在應施作的範圍內，停工處分可停止執行。北市府不服提出抗告，最高行政法院於2016年8月底駁回確定。
至於全面撤銷停工處分，台北高等行政法院2017年9月判決，涉及維護安全、防範危險發生部分，與比例原則有違，這部分遠雄巨蛋請求撤銷有理由，應予准許，但逾此部分應予駁回。
遠雄巨蛋與北市府均不服提起上訴，最高行政法院4月30日認定，台北市政府做的停工處分並無違誤，至於原判決撤銷「關於維護安全、防範危險發生之施作部分」，因這部分不在停工處分的規制效力範圍內，已構成訴外裁判的違法，因此廢棄原判決，並改判遠雄巨蛋敗訴定讞。
北市府建管處長張明森表示，尊重法院判決，後續等收到判決書後再因應。
