2010年11月最高法院更將「國務機要費案」、「南港展覽館案」及「海外洗錢案」等3大案發回高等法院重新審理，主要理由是「高院沒有查明以發票核銷的國務機要費是否真的流入扁家口袋」、「必須先確認海角7億是否都是犯罪所得才能論罪」，至今已進入更二審。
扁案種種程序爭議，讓部分社會輿論逐漸認定其為「政治事件」，包括當初裁決不必羈押的審判長周占春，因法院將「大案併小案」而遭撤換，蔡守訓接手後即裁決羈押，理由是為避免同一案件，前後判決不一，將後立案的卷宗將前案一併審理。此外，陳水扁在判決定讞前，自2008年起遭連續羈押700多天，林益世僅116天，遭批雙重標準。
美參議員曾提議醫療假釋
陳水扁入獄以來健康問題受到外界關注，2012年台北榮總發現陳水扁患有重度憂鬱症，以及攝護腺肥大、攝護腺發炎及泌尿道感染，導致的解尿困難及尿滯留。幾個月後，榮總經磁振造影檢查發現，陳水扁的腦部萎縮已不可逆轉，寫字、畫圖時會手抖。2013年，法務部將陳水扁轉送台中監獄附設培德醫院，繼續監禁並治療
美國聯邦參議員穆考斯基（Lisa Murkowski）2013年拜會前總統馬英九時，曾問是否有「醫療假釋」（Medical Parole）的可能，馬表示台灣並無此制度，但受刑人若在監就醫、戒護外醫或移送病監都無法適當醫治，可保外就醫，而陳水扁經由「戒護外醫」，已能得到完整之醫療照顧。
轉監培德的陳水扁病情惡化，漏尿情況日趨嚴重，甚至進台中榮總開刀治療呼吸中止症。2014年5月，時任台大醫院醫師的柯文哲表示，陳水扁已經在包尿布了，把扁關在監獄對台灣社會的和諧沒有幫助。陳水扁經歷2230天的囹圄生涯，2015年1月5日法務部核准暫時出獄，保外就醫1個月，並延長至今。
法界：特赦無法證明扁清白
據法務部調查，2015年扁案扁家人應繳交罰金及不法所得總計約11億4000多萬，其中扁家於瑞士美林銀行及蘇格蘭皇家庫斯銀行合計約2242.5萬元美金（約為新台幣7.2億元，俗稱海角7億），確定為龍潭案跟陳敏薰案洗錢部分，已全數變現約2億5000萬匯入國庫；元大併復華案的不法所得2億元，則於瑞士威格林銀行帳戶美金1700多萬元，瑞士核准返還674萬6840元。
國安會諮詢委員、清大社會所教授姚人多曾表示，沒有人可以否認阿扁為民進黨所做的一切努力，在他的領導下，民進黨爬上了前所未有的高峰；不過，也沒有人可以否認，他在8年任內的所作所為，他個人及家族驚人的財富與不當的理財方式，帶給民進黨多大的傷害。
特赦陳水扁聲浪近來日益高漲，但法界普遍認為，此舉也只能減免陳水扁的刑度，無法證明其清白，已有罪定讞的案件除非檢察總長願提非常上訴，才有機會翻盤，務實作法仍是針對停審中的5案，親自出庭爭取清白。
