國家機密保護法之立法意旨及目的，係因國家機密攸關國家安全或利益，若涉及國家機密之退、離職或移交人員任意出境，在外恐易發生洩漏國家機密之情事，將造成國家安全及利益之重大損害，故應由該（原）服務機關或其授權之人，審酌其守密程度等相關事由後據以准駁。如其涉密程度不深或無發生洩密之虞，始應予准許。
二、專案小組評估意見
（一）馬前總統核定、經管或接觸之國家機密甚鉅，且因甫卸任不足一月，相關機密仍具高度保密之必要。
經綜合彙整國家安全會議、國家安全局、外交部、國防部及行政院大陸委員會等機關所提供資料，馬前總統任內所核定、經管或接觸之國家機密數量甚鉅，機密等級涵蓋極機密、機密與密，涉密程度極高應無疑義。
另國家機密保護法之所以對退、離職涉密人員仍有三年之管制規定，乃基於在一定期間之內，該等人員任內所核定、經管或涉及之機密仍具高度保密之必要。馬前總統申請出境日期，距離卸任僅短短27日，其任內所核定、經管或涉及之機密對國家利益仍影響甚鉅。
考量其涉密程度極高、與卸任時間未久等因素，本案機密保護之風險較任何以往案例為高，本府必須審慎因應。
（二）馬前總統任內所核定、經管或接觸之國家機密檔案及資料，尚待更多時間完成清查與確認。
國家機密保護法施行細則規定，對涉及國家機密之退、離職人員之出境，原服務機關必須審酌其涉密、守密程度等相關事由後據以准駁。依據該法主管機關法務部之法律見解，原服務機關必須考量該人員所核定、經管或接觸之國家機密檔案與資料，是否已全數移交或清查完畢。由於馬前總統於卸任僅13日即提出出境申請，新政府交接迄今時日尚短，相關清查作業時間尚有不足，本府基於保護國家機密之精神，對本案仍應審慎以對。
（三）香港對我國家安全之維護係屬高度敏感地區，卸任總統於出境管制期間造訪香港之風險難以管控。
依據國家機密保護施行細則第32條第2項規定，申請人需檢具「出境行程」、「所到國家或地區」、「從事活動」、「會晤之人員」等資料，由原服務機關審酌。因此「所到國家或地區」為准駁之重要考量。依我國現今所處國際情勢，並考量國家安全及利益，香港對我國家安全之維護係屬高度敏感地區，卸任總統於出境管制期間造訪香港之風險難以管控。
（四）國安局與香港政府相關合作並無前例可循，復以本案時間緊迫，難以與中國大陸及香港政府充分協商。
國家機密保護法自92年2月6日公布生效以來，並無卸任總統依該法規定申請出境之前例，然依法對卸任總統出國開會、參訪、演講或從事公、私行程，其人身安全應受到保護，並由國家安全局提供安全護衛及必要之保護。
