為了追討興建捷運新蘆線代墊的99.8億元，台北市長柯文哲對交通部、新北市府提起不當得利之訴，認為應由交通部概括承受台灣省府應該分攤的經費，或由新北市政府增加分攤額度，但台北高等行政法院15日宣判台北市政府敗訴。此案仍可上訴。
台北捷運新蘆線在2013年全線開通，興建費用高達1357.78億元，其中209.23億為自償經費，由當時的台北市政府以及台灣省政府分別負擔，而省政府又與當時的台北縣政府分擔，總計台北縣政府應負擔金額為49.9億元、台灣省政府負擔99.8億元，當時均由台北市政府先行代墊。但台北市長柯文哲認為，精省後省政府的費用應該要由交通部負擔，但交通部一直未給付，因此提告；而新北市政府是關係人身份，主要目標是交通部，並不是要告新北市府。
交通部則表示，根據1998年行政院所核定的計畫書，自償性財源由北市府代辦貸款與建設利息，完工營運後應由營運單位償還貸款的本金與利息，在2002年時，行政院更指定台北市政府須擔任籌措自償性資金的平台，待正式營運後，由台北捷運營收分期償還給台北市政府。新蘆線自2013年全線通車之後，車票收入均由台北市捷運公司收取，土地開發收益則由台北市土地開發基金收取，因此本來就不存在交通部應償還台北市代墊經費的問題。
台北高等行政法院宣判台北市政府敗訴，但是全案仍可繼續上訴。台北市政府若上訴，交通部表示會給予尊重。
