台灣遠洋漁業2015年10月遭歐盟舉黃牌警告，引發國內關注，立法院加緊「遠洋漁業條例」等漁業三法的修法腳步，雖然目前已經修正遠洋漁業條例草案，但關鍵性的罰則仍在朝野協商階段。農委會主委曹啟鴻16日赴立法院經濟委員會報告時坦言，歐盟準備對台祭出紅牌警告的威脅很大，恐準備將台列為「非法、未報告、不受規範（IUU）漁業」不合作黑名單，威脅的確不小。
歐盟去年10月對台灣遠洋漁業舉出黃牌，共分3階段審查改善情況，第1次是今年3月底、第2階段9月底、最後期限是明年3月底，倘若不過將遭貿易制裁，因此修法強化管理在即。立委管碧玲於立院經濟委員會中詢問遠洋漁業法草案修法進度時，曹啟鴻表示，我國駐比利時的代表已回報，歐盟準備將台列為打擊「非法、未報告、不受規範（IUU）漁業」不合作的黑名單，對台灣漁業威脅不小。
管碧玲指出，農委會應該積極透過管道，用最大的效率與歐盟溝通，並陳述我方意見。她解釋，歐盟代表是否會祭出紅牌，不只看我國修法、立法，還要看行政部門的執法心態及過去執法成績，這些都會被列為考量範疇。管碧玲說，歐盟傾向對非法的漁業活動應該加重罰款，而我國是扣照制度非常嚴格，罰款金額則低，所以在歐盟眼裡會認為罰得很輕，但歐盟僅只看到罰款低就認為台灣對於非法捕魚管理不力，農委會應該好好與歐盟溝通。
漁業署副署長黃鴻燕表示，歐盟不滿意的地方有2點：1.偏離歐盟原先訴求 。2.認為我國該提升至跨部會層級，有個領導指揮處理。
漁業署副署長黃鴻燕表示，首先，歐盟對於漁業三法的修正草案是支持行政院版本，但草案修正過程中，改了許多內容偏離歐盟原先訴求而引發歐盟不滿，其中包括法律用詞及罰鍰，因此向我國駐比利時代表表達不滿，可能對台祭出紅牌警告。黃鴻燕指出，該案是農委會漁業署在處理，歐盟認為應該提升至跨部會層級，有一個領導指揮，但事實上漁業署有協調各部會去處理，歐盟還是有很多疑慮，因為泰國是由副總理做為跨部會的領導指揮漁業相關事項，所以希望台灣能比照辦理。
黃鴻燕說，若是考量到最壞狀況祭出紅牌，也是9月份之後了，若台灣漁獲禁止輸入歐盟，其他國家也可能仿效，過去斯里蘭卡也曾被祭出紅牌，漁獲禁輸歐盟及其他國家，但斯里蘭卡的漁業規模不大，而台灣漁船在公海作業的規模在歐盟眼中是全球最大的，影響性很廣，這部分會再和立委好好溝通。
根據農委會統計，台灣目前每年輸往歐盟的水產品產值約5億元，間接輸歐盟的水產品產值更高達65億元。一旦被列紅牌，對台灣漁業衝擊不小。
