在泰源事件判刑中，也可見國民黨對台獨戒慎恐懼、強力嚴防的心理。6名參與者被捕後即受軍法審判，初判是5人死刑、事前逃亡未參與的鄭正成則判15年，時任總統蔣介石一度要求重判6人全死刑，王美玉說起因是報告書寫說要把其他政治犯全送綠島管訓，蔣介石「看錯公文」以為是要把泰源參與者送綠島管訓，因此蔣怒批「如此重大判亂案豈可以集中綠島管訓了事，應將此6名皆判刑槍決」，也要求對賴在、張金隆、李加生等「竟預聞逆謀不報」的警衛部隊士兵「照法重處」，然而在防堵台獨的策略下，蔣介石也做出妥協。
4月25日，參謀總長高魁元把維持死刑公文上呈蔣介石，表示之所以沒判鄭正成死刑，是因為鄭雖有「預謀叛亂事實」但臨事拒絕以中止行動，如果判死刑恐怕會被「陰謀台獨份子藉機宣傳，影響台胞心理」，而蔣介石接受參謀總長說法維持5人死刑、1人判15年徒刑，「照准」。
而在士兵懲處部份，輔導長謝金生原先要受軍法審判，然而有「上級介入」指出謝金聲是台籍軍官，若處份比管連長重：「不僅對個人心理有不良反應，有影響其他台籍軍官之慮。」經政戰三處上校監察官丁華生電話表示「本案要上級請示」，謝金聲最後因為身份為本省軍官、年僅24歲缺乏經驗而「從輕處份」，從兩大過調職變成記一大過。「上級」是誰？王美玉表示檔案沒有記錄，但很明顯所謂「上級」比參謀總長組織與位階更高。
由於本案審判時適逢4月24日「刺蔣案」發生，蔣介石之子蔣經國在訪美時遭主張台灣獨立之革命者黃文雄、鄭自才刺殺失敗，民間也傳言蔣介石是刺蔣案而要求重懲，然而王美玉表示，這部份目前沒有找到相關聯證據。
泰源台獨革命最終以失敗告終，也造成大批政治犯被移送到綠島。著手調查半世紀以前悲劇細節，王美玉嘆，也很遺憾前天看到調查局又將一批檔案列為「永久機密」：「人生不曉得有幾個50年，若再30年、50年，這批家屬能否看到真相？」
王美玉：你們還沒出世前就有人講台灣獨立了
經過調查，監院報告也正式將泰源事件定調為「規畫未周的反政府案件」而非單純越獄案，而當事人也強調是台灣獨立革命運動，王美玉說：「要告訴大家台灣獨立這事不是只有現在在吵，你們還沒出世前就講『台灣獨立』了。」
本案係由泰源與事者過去難友施明德、其妻陳嘉君一同來陳情而後立案調查，王美玉表示，本案可見軍方全面嚴控台獨思想，其中陳良跟江炳興因為遺書有台獨壯烈犧牲使命感也不能發給家屬，而遭判死刑的5人都被快速槍決，如今50年過去了，該給當時家屬一個公平正義的交代。
最後，王美玉如是強調調查報告之意義：「台灣是統是獨有很多爭議，但過去走來，我們知道台灣民主政治不是一夕而成……以前只要大聲說台獨就是思想犯、以前年代你有這想法都不行，我想還原事實真相，讓新一代了解當時為這塊土地付出的人，不管是獨、是統，對台灣的貢獻。」
