除了長年擔任幕僚、熟悉公共政策及國會生態外，新任行政院副秘書長何佩珊也長年浸淫兩岸議題；何在高舉「一邊一國」旗幟的扁朝中段，花了3年時間利用公餘，往返台北、上海，拿到上海復旦大學世界經濟所碩士學位。3年往返兩岸的求學經歷，不僅讓何有了兩岸人脈，也讓何成為黨內幕僚的「知中派」。
何佩珊的對岸經歷兼立院黨團總召集人柯建銘首席幕僚身分，也讓何在黨內兩岸事務上有不小參與。蔡英文初任黨主席時，2010年9 月28日民進黨黨慶當天，對岸上海台研所於陳雲林抗爭風波後，在時任所長俞新天率領下，首度到民進黨中央和民進黨交流，何便是與會者；柯建銘在蘇貞昌任黨主席時，拋出凍結台獨黨綱議題，盼替民進黨解套，也和何有所討論。
何當年復旦碩士論文，題目是探討、比較人民幣與台幣的升值，希望爬梳兩岸在不同時間，面對國際要求貨幣升值壓力，對各自國內社會造成的衝擊，及如何因應。
不過，何佩珊雖在中國攻讀學位，和對岸涉台人士也有往來，但對綠營基本立場也有理解堅持，如馬英九第2任總統任期時立院服貿攻防，民進黨立院黨團的議事杯葛及論述，何都是重要與聞者及參與者，面對中國，何也堪稱「軟硬兼備」！
