加拿大去年2月13日出現狂牛症案例，因此台灣採取暫停受理所有加拿大牛肉產品的輸入查驗，直到今年7月8日才恢復輸入，不過當時正是尼伯特颱風侵台關鍵時刻，衛生福利部卻恰好選在同時間解除管制，引起許多立委質疑其程序正當性，甚至被形容是「偷渡成功」。
立法院社福衛環委員會13日邀衛福部進行「恢復加拿大牛肉輸入查驗、日本福島五縣輻射食品以及美豬萊克多巴胺管理」專案報告，其中又以「加牛」挑在敏感時機通過恢復輸入引起最大爭議，許多立委都稱，相關單位根本沒有找他們談，連對民意代表都這樣了，還能指望與民眾有甚麼溝通？
衛福部部長林奏延稱，「這次是做系統性查核，查核範圍含相關法規、流程，這次實地查訪時有對生產、包裝、屠宰場等進行考察。」不過立委蔣萬安則質疑，「這次有14個專家前往加拿大，不過卻只看了5間廠，而且其中還不包括這次爆出狂牛症案例的這間，到底有沒有落實調查？」食藥署則對此回應，「因為發生狂牛症的那間廠被管制了，不能去。」
食藥署表示，在可能引發狂牛症的可能中，飼料是最大的影響因素，不過在2007年加拿大的「飼料禁令」上路之後，飼料中就會排除肉骨粉的添加，但是立委劉建國指出，禁令上路後還有狂牛症案例出現，那禁令效力是否足夠？或者是加拿大根本沒有對我們坦承？
立委陳宜民表示，如果加拿大是透過WTO讓加牛進到台灣，但是我們沒有讓自己的農產品進到加拿大，非常不合理。除此之外，陳宜民還指出，狂牛症的檢疫期有7年，現在還在檢疫期期間，他直言「加拿大的牛肉是有風險的」。
「為什麼一定要趕在颱風夜通過？」是大多立委的共同疑問，衛福部回應是依正常程序進行，該日恰遭遇颱風來襲，絕無突襲之情事。衛福部也表示，加牛恢復輸入後各部會仍會依現行管理措施嚴加把關，透過輸入的「前、中、後」三階段，建立縝密完整的管理體系，確保國內民眾可以吃得安心。
對加拿大輸台牛肉要求，衛福部特別報告指出，1、需來自通過獸醫官屠前檢查隻健康牛隻。2、必須來自30個月齡以下的牛隻。3、必須於屠宰時去除所有「特定風險物質」。 4、必須是合格輸臺工廠所生產。5、必須每一批產品都在輸出國官方獸醫師監督下生產，確認產品符合輸臺規定。 6、必須每一批產品都檢附加拿大官方獸醫師簽發之衛生證明文件。
