香港榮休主教陳日君對於梵蒂岡發布的《聖座關於中國神職人員民事登記的牧靈指導》提出明確批評。據天主教通訊社報導，該文件鼓勵在中國的天主教神職人員進行民事登記。陳日君於周末發表了他對此的疑問。
梵蒂岡6月28日發布《聖座關於中國神職人員民事登記的牧靈指導》，香港榮休主教陳日君（87歲）認為，這份文件顛倒了何為「正常」、何為「不正常」。陳日君寫道：「以前教會說是不能接受的，現在成了常規；以前教會鼓勵教友堅持的，現在成了暫時還被容忍的。」
陳日君寫道，政府「在要求神職人員作民事登記時，也幾乎常常強迫他們接受獨立自辦教會的原則」。而《牧靈指導》簡而言之是說：「可以簽政府所要求的登記申請書，同時作出一個聲明說『我不承認申請書中違反信仰的許諾』。這聲明如不能『書面』作出，『口頭』也可以，沒有證人也可以，只要向主教澄清簽字時的意向是好的。」
陳日君認為：「簽的是違反教會信仰的，聲明和意向卻是否認所簽的。這樣的指導絕不符合傳統的倫理原則！按這樣的指導，背教也不成問題了。」
陳日君認為，如此的做法之下，「不但地下團體會消失。地上團體裡也有不少長期在堅持信仰，希望從地上內部作出改善的，現在也只能在聰明的投機分子的譏笑聲中歸隊了。」他寫道：「上主，請可憐我們祖國的教會，不要讓那些期望消滅真正天主教會的人得逞！」
據天主教通訊社（KNA）報導，早在2018年9月，教宗就與中國就主教任命達成協議。榮休主教陳日君則堅決反對這樣的靠近，因擔心這對中國的地下天主教會帶來重創。
